<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div></div><div><br><div><div>On Jan 29, 2014, at 9:40 AM, Joel Meyerson &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div>Hi Darrell,<br>Thanks for the tip! I hadn't considered mesh lab but that link you sent looks promising. I'll also wait to see if Tom has any further suggestions.<br></div>Joel<br></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 29, 2014 at 11:44 AM, Hurt, Darrell (NIH/NIAID) [E] &nbsp;wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; position: static; z-index: auto; ">



<div style="font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif;word-wrap:break-word">
<div>
<div>Hi Joel,</div>
<div><br>
</div>
<div>I love Chimera and use it all the time. However, a quick-and-dirty solution to your problem might be to try Meshlab. It is kind of buggy software, but can be very useful. Here's a tutorial/blog entry that I found in a quick search. At the very least, it
 describes what I think Tom was communicating about enhancing surface shading:</div>
<div><a href="http://meshlabstuff.blogspot.com/2010/03/mean-curvature-cavity-map-zbrush-and.html" target="_blank">http://meshlabstuff.blogspot.com/2010/03/mean-curvature-cavity-map-zbrush-and.html</a></div>
<div><br>
</div>
<div>FWIW,</div>
<div>Darrell</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><span style="font-size:12px">--&nbsp;</span></div>
<font><font style="font-size:12px" face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial">Darrell Hurt, Ph.D.<br>
Section Head, Computational Biology<br>
Bioinformatics and Computational Biosciences Branch (BCBB)<br>
OCICB/OSMO/OD/NIAID/NIH<br>
&nbsp;<br>
31 Center Drive, Room 3B62B, MSC 2135<br>
Bethesda, MD 20892-2135<br></font></font><div><font style="font-size:12px" face="Calibri,Verdana,Helvetica,Arial"><br>
<br>
</font></div>
<div><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><font><span style="font-size:10px">Disclaimer: The information in this e-mail and any of its attachments is confidential and may contain sensitive information. It should not be
 used by anyone who is not the original intended recipient. If you have received this e-mail in error please inform the sender and delete it from your mailbox or any other storage devices. National Institute of Allergy and Infectious Diseases shall not accept
 liability for any statements made that are sender's own and not expressly made on behalf of the NIAID by one of its representatives.</span></font></font></div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<span>
<div style="border-width: 1pt medium medium; border-style: solid none none; padding: 3pt 0in 0in; text-align: left; font-size: 11pt; font-family: Calibri; border-top-color: rgb(181, 196, 223); position: static; z-index: auto; ">

<span style="font-weight:bold">From: </span>&lt;Meyerson&gt;, "Joel [F] (NIH/NCI)"&nbsp;<br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Tuesday, January 28, 2014 9:08 PM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>Tom Goddard&nbsp;<br>
<span style="font-weight:bold">Cc: </span>"<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> List" &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<div class="im">
<br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [Chimera-users] Coloring map by curvature<br>
</div></div><div><div class="h5">
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>Hi Tom,<br>
</div>
I have cryo-EM maps for two conformations of a protein, both in the 15 Angstrom resolution range. The conformations are visibly different, but I am also interested in seeing where they differ in terms of their surface curvature, as it could have bearing on
 how I interpret the conformations. If there's any other info I can provide just let me know.<br>
</div>
Thanks!<br>
Joel<br>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jan 28, 2014 at 7:36 PM, Tom Goddard wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Joel,<br>
<br>
&nbsp; No, Chimera does not compute surface curvature. &nbsp;It would not be too hard to make a Python script that computed it and used it to color a surface. &nbsp;The main trouble is defining numerically the curvature for a triangulated surface at each vertex. &nbsp;Why are
 you interested in this? &nbsp;Is the idea to simulate ambient occlusion lighting where surface cavities are dark and projections are brighter? &nbsp;Is the idea to try it on EM maps or molecular surfaces?<br>
<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Tom<br>
<div>
<div><br>
<br>
On Jan 28, 2014, at 2:29 PM, Joel Meyerson wrote:<br>
<br>
&gt; Hi,<br>
&gt; Is it possible to color a map based on surface curvature?<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; Joel<br>
</div>
</div>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">
http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div></div></span>
</div>

</blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div></body></html>