<div dir="ltr"><div><div>Hi Tom,<br></div>I have cryo-EM maps for two conformations of a protein, both in the 15 Angstrom resolution range. The conformations are visibly different, but I am also interested in seeing where they differ in terms of their surface curvature, as it could have bearing on how I interpret the conformations. If there's any other info I can provide just let me know.<br>
</div>Thanks!<br>Joel<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 28, 2014 at 7:36 PM, Tom Goddard <span dir="ltr"><<a href="mailto:goddard@sonic.net" target="_blank">goddard@sonic.net</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Joel,<br>
<br>
  No, Chimera does not compute surface curvature.  It would not be too hard to make a Python script that computed it and used it to color a surface.  The main trouble is defining numerically the curvature for a triangulated surface at each vertex.  Why are you interested in this?  Is the idea to simulate ambient occlusion lighting where surface cavities are dark and projections are brighter?  Is the idea to try it on EM maps or molecular surfaces?<br>

<br>
        Tom<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
On Jan 28, 2014, at 2:29 PM, Joel Meyerson wrote:<br>
<br>
> Hi,<br>
> Is it possible to color a map based on surface curvature?<br>
> Thanks,<br>
> Joel<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Chimera-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
> <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>