<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Will,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>The underlying program that Chimera uses to compute charges, antechamber/sqm from AmberTools, frequently fails for molecules with regions of concentrated negative charge, such as the central phosphate connector of FAD. &nbsp;It not really something I can do much about. &nbsp;Nonetheless, the failure not only depends on the charge density but also on the specific atomic geometry. &nbsp;So for instance, I <i>can</i>&nbsp;compute the charges for the FAD in 4kpu, though it does take a <i>long</i>&nbsp;time (about 10 minutes). &nbsp;This means that there is kind of a work around. &nbsp;Compute the charges in a structure that works and then transfer them to your structure. &nbsp;You do this by bringing up the Render by Attribute tool after successfully computing charges and using it's File-&gt;Save Attributes menu entry to save the charges to a file. &nbsp;You should select the FAD and then restrict the save to selected atoms. &nbsp;Edit the resulting file and change the residue name and chain ID (in this case 401.A) to FAD so that it can be applied to all FADs in your structure. &nbsp;Then in the Chimera with your structure open, read in the charge-attribute file with the Define Attributes tool. &nbsp;To save you a lot of the effort here, I've attached the edited charge-attribute file I saved from 4kpu.</div><div><br></div><div>--Eric</div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div>
</body></html>