<div dir="ltr">Dear Elaine Meng<br><br><span id="result_box" class="" lang="en"><span class="">Thank you very much</span> <span class="">for your help.</span> <span class="">I have</span> <span class="">Chimere</span> <span class="">in alpha</span> version <span class="">and RNA</span> <span class="">/ DNA</span> Build <span class="">Structure</span> <span class=""></span> <span class="">works.</span>I <span class="">Experiment with the</span> <span class="">rna</span> <span class="">duplex</span> <span class="">command.</span> <br>
<span class="">I'm sorry</span> <span class="">that</span> <span class="">I addressed</span> <span class="">questions</span> <span class="">to you</span> <span class="">-</span> <span class="">I did it</span> <span class="">automatically.</span> <br>
<span class="">In the future,</span> <span class="">I'll</span> <span class="">send</span> <span class="">questions</span> <span class="">to</span> <span class=""><a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a></span></span><br>
<br><span lang="en"><span>Sincerely, Janusz Grabowsk</span></span><br><br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014/1/9 Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5">On Jan 9, 2014, at 12:07 PM, "pythonchemia Gazeta.pl" <<a href="mailto:pythonchemia@gazeta.pl">pythonchemia@gazeta.pl</a>> wrote:<br>

><br>
> Hello Elaine C. Meng<br>
><br>
> Thank you very much for your reply and sorry that I answer only now.<br>
> When it comes to command rna  path and rna model  your tips helped me. :)<br>
> Although I do not know how to define the path for the command operations rna duplex. : (<br>
><br>
> Unfortunately for me the system WinXP / Chimera 1.8 - 32bit shadows set command does not work. : (<br>
> Chimera returns this message:<br>
><br>
> - Unable to turn on shadows (shadows not supported)<br>
><br>
> After opening the Chimera Reply log returns this message:<br>
><br>
> Disabled programs because the GPU and graphics driver bug<br>
> you encountered while compiling a vertex shader.<br>
> -------------------------------------------------- -----------<br>
><br>
> Maybe my graphics card is inappropriate?<br>
><br>
> The User's Guide about the Build Structure writes that the helical DNA / RNA (not yet Implemented )<br>
> and this option is disabled.<br>
><br>
> Sincerely, Janusz Grabowski<br>
<br>
</div></div>Hi Janusz,<br>
The message suggests your computer can't do the shadows.  It might help to update your graphics driver, but I don't know for certain.  However, other "set" options should work,  for example:<br>
<br>
set bgColor white<br>
<br>
As mentioned in the "rna duplex" description, the path file is created using the command "rna path":<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/rna.html#duplex" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/rna.html#duplex</a>><br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/rna.html#path" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/rna.html#path</a>><br>
<br>
Also, as mentioned in an earlier message you have to get a daily build (version 1.9), also available from our download page, to use the "helical DNA/RNA" option in Build Structure.<br>
<<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2013-December/009497.html" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2013-December/009497.html</a>><br>
<br>
It is recommended to send chimera questions to <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> instead of to me directly.<br>
Thanks,<br>
Elaine<br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>