<div dir="ltr"><div><div>Dear Elaine and Eric:<br><br>Thank you for your help.<br></div>Actually the following previous posts were directly helpful to accomplish what I wanted to do, i.e. utilizing MoveDialog.<br></div><div>
<div><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-dev/2013/000968.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-dev/2013/000968.html</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2011-August/006634.html" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2011-August/006634.html</a><br>

<br></div><div>Now hbond information seems properly saved upon updated frame with LoadFrame.<br><br></div><div>Thanks a lot!<br></div><div><br>#chimera --script Hbond.py<br>#<br>from chimera import runCommand<br>from Movie.gui import MovieDialog<br>
from chimera.extension import manager<br><br># pr trajectory movie open by metafile<br>meta = open(&quot;metafile&quot;, &#39;w&#39;)<br>
meta_input = &quot;&quot;&quot; amber<br>mypdb.prmtop<br>pr.crd<br>&quot;&quot;&quot;<br>meta.write(meta_input)<br>meta.close()<br>#####<br>def findMDMovie():<br>    mdms = [inst for inst in manager.instances if isinstance(inst, MovieDialog)]<br>

    if not mdms:<br>        raise AssertionError(&quot;No MD Movie Instances!&quot;)<br>    return mdms[-1]<br>#####<br>runCommand(&quot;open movie:metafile; sel protein&quot;)<br>mdm = findMDMovie()<br>for x in range(1,1000+1,5):<br>

    frame = x<br>    mdm.LoadFrame(x)<br>    runCommand(&quot;hbond selRestrict any relax true savefile hbond.%s&quot; % x)<br>    runCommand(&quot;wait&quot;)<br></div>runCommand(&quot;stop&quot;) # move onto next MD trajectory<br>
</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 14, 2014 at 11:06 AM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Inhee Park,<br>
A big limitation of the &quot;coordset&quot; command is that most formats of MD trajectory would have to be played through entirely using the graphical interface before it would work to use &quot;coordset&quot;, as mentioned here:<br>

<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/coordset.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/coordset.html</a>&gt;<br>
<br>
In other words, probably the frame is not updating when you use coordset.  Another thing that confuses me in your script is the use of &quot;wait&quot;.  I don&#39;t think it is needed.  Assuming &quot;coordset&quot; is working, I&#39;d use something like<br>

<br>
perframe myhb; coordset #0 1,1000,10<br>
~perframe<br>
<br>
Sorry about that limitation.  Maybe someone else can suggest how to use python to play the trajectory.<br>
Best,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
On Jan 13, 2014, at 5:18 PM, inhee park &lt;<a href="mailto:ipark.c@gmail.com">ipark.c@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Dear Chimera developers and users:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; I am using Chimera (production version 1.8 (build 38824) 2013-06-07 21:09:20 UTC).<br>
&gt;<br>
&gt; I wanted to process MD trajectories to extract their detailed H-bond information.<br>
&gt; To do so, I would like to process by script with Hbond.py file.<br>
&gt; $ chimera --script Hbond.py<br>
&gt;<br>
&gt; #---[Hbond.py]<br>
&gt; from chimera import runCommand<br>
&gt;<br>
&gt; # pr trajectory movie<br>
&gt; with open(&quot;metafile&quot;, &#39;w&#39;) as m:<br>
&gt;     meta_input = &quot;&quot;&quot;amber<br>
&gt; mypdb.prmtop<br>
&gt; pr_dry_netcdf.crd<br>
&gt; &quot;&quot;&quot;<br>
&gt;     print &gt;&gt; m, meta_input<br>
&gt; #<br>
&gt; runCommand(&quot;open movie:metafile&quot;)<br>
&gt; runCommand(&quot;alias ^myhb hbond relax true savefile hbond.$1&quot;)<br>
&gt; runCommand(&quot;perframe myhb&quot;)<br>
&gt; runCommand(&quot;coordset #0 1,1000,10; wait 100&quot;)<br>
&gt; #-----------------------<br>
&gt;<br>
&gt; As I have many MD trajectories to be processed, I was looking for a commandline<br>
&gt; in lieu of actually clicking buttons in MD movie GUI to play.<br>
&gt; I thought that &quot;coordset #0 1,10000,10; wait 100&quot; may operate like automatically<br>
&gt; starting the MD movie to load frame 1 to 1000 at every 100 interval.<br>
&gt; But resulting saved H-bond files contain same information all about the first frame<br>
&gt; (because graphically displayed was the first frame without any update<br>
&gt; unless clicking the button in MD movie GUI).<br>
&gt;<br>
&gt; Is there a way to achieve an automatic play via commandline?<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you,<br>
&gt;   inhee park<br>
</div></div>&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Chimera-users mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>_________<br>inhee park
</div>