<div dir="ltr"><div>Dear Chimera developers and users:<br><br><br>I am using Chimera (production version 1.8 (build 38824) 2013-06-07 21:09:20 UTC).<br><br>I wanted to process MD trajectories to extract their detailed H-bond information.<br>
To do so, I would like to process by script with Hbond.py file.<br>$ chimera --script Hbond.py<br><br>#---[Hbond.py] <br>from chimera import runCommand<br><br># pr trajectory movie<br>with open(&quot;metafile&quot;, &#39;w&#39;) as m:<br>
    meta_input = &quot;&quot;&quot;amber<br>mypdb.prmtop<br>pr_dry_netcdf.crd<br>&quot;&quot;&quot;<br>    print &gt;&gt; m, meta_input<br>#<br>runCommand(&quot;open movie:metafile&quot;)<br>runCommand(&quot;alias ^myhb hbond relax true savefile hbond.$1&quot;)<br>
runCommand(&quot;perframe myhb&quot;)<br>runCommand(&quot;coordset #0 1,1000,10; wait 100&quot;)<br>#-----------------------<br><br>As I have many MD trajectories to be processed, I was looking for a commandline <br>in lieu of actually clicking buttons in MD movie GUI to play.<br>
I thought that &quot;coordset #0 1,10000,10; wait 100&quot; may operate like automatically <br>starting the MD movie to load frame 1 to 1000 at every 100 interval.<br>But resulting saved H-bond files contain same information all about the first frame<br>
(because graphically displayed was the first frame without any update<br>unless clicking the button in MD movie GUI).<br><br>Is there a way to achieve an automatic play via commandline?<br><br></div>Thank you,<br><div>  inhee park
</div></div>