<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>Hi Isha,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>I have no problem charging the FAD, though it takes quite a long time to finish and I'm sure the protonation in my trial differs from yours, since the net charge for me is -2 whereas for you it is +1 (<i>not</i>&nbsp;+5; I don't know why you think it was +5 but the "-nc 1" part of the antechamber command you sent indicates a net charge of +1).</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>The first problem is that the structure you sent is protonated wrong in two ways. &nbsp;First, in your structure only non-carbon atoms are protonated. &nbsp;Charge determination requires all protons be present. &nbsp;Second, in your structure the oxygens of the flavin quinone ring are protonated and they should not be.</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Correcting these problems can be done in a few steps. &nbsp;First, open the Chimera command line (Favorites-&gt;Command Line) and type "del H". &nbsp;This will delete all the hydrogens. &nbsp;Now we need to tell Chimera that the quinone oxygens are ketones, not alcohols. &nbsp;To do this select the two oxygens and then type "setattr a idatmType O2 sel" (i.e. the atom type of the selected atoms is sp2 oxygen). &nbsp;Then we need to tell chimera that the nitrogen between the those two should be protonated. &nbsp;Do this by selecting that nitrogen and typing "setattr a idatmType Npl sel".</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Now add hydrogens by typing "addh". &nbsp;You'll notice that the other nitrogen in the ring also gets protonated. &nbsp;This is because Chimera favors a protonation state where the central flavin ring is positively charged and aromatic (i.e. a positively charged semiquinone). &nbsp;To force the "classic" flavin protonation, select the extra proton and type "del sel".</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Now you will be able to run add charge. &nbsp;Let me know if you have any further problems.</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br></div><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></div><div><br></div><div>On Jan 1, 2014, at 11:08 PM, Isha &lt;<a href="mailto:isha1520@imtech.res.in">isha1520@imtech.res.in</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
<div style="font-family: Verdana,Geneva,sans-serif"><p>Dear Sir/Mam</p><p>&nbsp;I used antechamber in chimera to add charges to ligand "FAD" using am-bcc, amber ffo3r.1 and +5 charge (as depicted by chimera). The procedure was Tools &gt; structure editing &gt; add H and then add charge. The error shown is :</p><p><br>Charge model: AMBER ff03.r1<br>Assigning partial charges to residue FAD (net charge +1) with am1-bcc method<br>Running ANTECHAMBER command: C:/Program Files/Chimera 1.8.1/bin/amber12/bin\antechamber -ek qm_theory='AM1', -i c:\users\amehta\appdata\local\temp\tmpjjpoaq\ante.in.mol2 -fi mol2 -o c:\users\amehta\appdata\local\temp\tmpjjpoaq\ante.out.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 1 -j 5 -s 2<br>(FAD)</p><p>(FAD) Running: "C:/Program Files/Chimera 1.8.1/bin/amber12/bin/bondtype" -j part -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac</p><p>(FAD)</p><p>(FAD) Running: "C:/Program Files/Chimera 1.8.1/bin/amber12/bin/atomtype" -i ANTECHAMBER_AC.AC0 -o ANTECHAMBER_AC.AC -p gaff</p><p>(FAD) Total number of electrons: 412; net charge: 1</p><p>(FAD)</p><p>(FAD) Running: "C:/Program Files/Chimera 1.8.1/bin/amber12/bin/sqm" -O -i sqm.in -o sqm.out</p><p>(FAD) Error: cannot run ""C:/Program Files/Chimera 1.8.1/bin/amber12/bin/sqm" -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly, exit</p><p>Failure running ANTECHAMBER for residue FAD<br><br></p><p>Please help as it is very urgent. Hope for your reply. I have also attached the ligand. Please find the attachment.</p><div>&nbsp;<br class="webkit-block-placeholder"></div>
<div>
<pre>With Regards,
Isha
C/O Dr. Raman Parkesh<br>Protein Science &amp; Engg.
Institute of Microbial Technology
Sector 39A, Chandigarh 160036
Ext: 0172-6665489</pre>
</div>
</div>
<span>&lt;DE_fad.pdb&gt;</span>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><div apple-content-edited="true"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; font-size: 16px; "><br><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>