<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN">
<html><body style='font-family: Verdana,Geneva,sans-serif'>
<p>Dear Sir/Mam</p>
<p>&nbsp;I used antechamber in chimera to add charges to ligand "FAD" using am-bcc, amber ffo3r.1 and +5 charge (as depicted by chimera). The procedure was Tools &gt; structure editing &gt; add H and then add charge. The error shown is :</p>
<p><br />Charge model: AMBER ff03.r1<br />Assigning partial charges to residue FAD (net charge +1) with am1-bcc method<br />Running ANTECHAMBER command: C:/Program Files/Chimera 1.8.1/bin/amber12/bin\antechamber -ek qm_theory='AM1', -i c:\users\amehta\appdata\local\temp\tmpjjpoaq\ante.in.mol2 -fi mol2 -o c:\users\amehta\appdata\local\temp\tmpjjpoaq\ante.out.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 1 -j 5 -s 2<br />(FAD)</p>
<p>(FAD) Running: "C:/Program Files/Chimera 1.8.1/bin/amber12/bin/bondtype" -j part -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac</p>
<p>(FAD)</p>
<p>(FAD) Running: "C:/Program Files/Chimera 1.8.1/bin/amber12/bin/atomtype" -i ANTECHAMBER_AC.AC0 -o ANTECHAMBER_AC.AC -p gaff</p>
<p>(FAD) Total number of electrons: 412; net charge: 1</p>
<p>(FAD)</p>
<p>(FAD) Running: "C:/Program Files/Chimera 1.8.1/bin/amber12/bin/sqm" -O -i sqm.in -o sqm.out</p>
<p>(FAD) Error: cannot run ""C:/Program Files/Chimera 1.8.1/bin/amber12/bin/sqm" -O -i sqm.in -o sqm.out" of bcc() in charge.c properly, exit</p>
<p>Failure running ANTECHAMBER for residue FAD<br /><br /></p>
<p>Please help as it is very urgent. Hope for your reply. I have also attached the ligand. Please find the attachment.</p>
<p>&nbsp;</p>
<div>
<pre>With Regards,
Isha
C/O Dr. Raman Parkesh<br />Protein Science &amp; Engg.
Institute of Microbial Technology
Sector 39A, Chandigarh 160036
Ext: 0172-6665489</pre>
</div>
</body></html>