<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Ross,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>As was the case for the bug report you also submitted for this, both files you included in your zip attachment minimize without error for me. &nbsp;We should continue working on this via the bug report since the readers of the list probably have little interest in the details of this specific problem.</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br><div>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br></div><div><div>On Dec 29, 2013, at 8:37 PM, "Ross KK Leung" wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; "><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">In August there was a discussion entitled “Minimization and mystery nonstandard HIS atom name” and that’s the exact problem supposed to have been solved last year. What I did is similar to Jason (<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2013-August/009069.html" style="color: purple; text-decoration: underline; ">http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2013-August/009069.html</a>), and unfortunately I’m unable to resolve the problem, giving that I’m using chimera 1.8.1 on a Win 7 32G RAM computer. I attach two files, one succeeded till completion while the other one failed early. What I did is simply “Structure editing”, &nbsp;next, ok, next, ….<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Charges of 0.0 were assigned to the unknown atoms<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">1 model(s) had non-integral total charge<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Details in reply log<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">No MMTK name for atom "HC1" in standard residue "ALA"<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Any suggestions to fix the problem is highly appreciated because Chimera is so impressive and I’ve been using it for many good analyses already. A pity to give up and switch to other programs at this very last stage.<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><b>&nbsp;</b></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div></div><span>&lt;success_failure.zip&gt;</span>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; ">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" style="color: purple; text-decoration: underline; ">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></div></blockquote></div><br></div><br></body></html>