<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Carol,<div><br></div><div>&nbsp; I think your best approach is to convert your raw EM map data to another file format that contains a header with the size of the map, value type, byte order, grid plane spacing. &nbsp;The problem with the raw data is that it cannot be interpreted without specifying additional parameters like the grid size. &nbsp;Chimera currently doesn't have a method to ask the user for extra information about how to interpret data in a file. &nbsp;So it isn't a simple matter to add a file format. &nbsp;Data in raw format is likely to become worthless very quickly when no one remembers the extra parameters, so I strongly encourage avoiding raw format. &nbsp;I don't know of a program to recommend to convert raw data, but since you generated the data somehow, maybe the program you used can export a more usable file format.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div><br></div><div><br><div><div>On Dec 14, 2013, at 3:47 PM, Carol J Hirschmugl wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hello,&nbsp;<div><br></div><div>I am new to chimera, but have seen its capabilities for rendering 3D images of complex data sets,&nbsp;</div><div>and &nbsp;think that this will be an appropriate program for excellent image analysis for my 3D tomography data sets.&nbsp;</div><div><br></div><div>My data sets are in general binary format, (.raw file), 32 float, big endian, x fastest order for an x,y,z&nbsp;</div><div>data set of 128 x 128 x 128 voxels of&nbsp;grey scale information. &nbsp; I am using AVIZO and FIJI at present. &nbsp;Avizo&nbsp;</div><div>is expensive, and fiji is slow and reduces the data to 8 bit before rendering it, which I find unacceptable.&nbsp;</div><div><br></div><div>TO move to Chimera - I found the web page in the Users Manual that suggested &nbsp;</div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Times; "><a name="newformats"><h4>ADDING A FILE TYPE</h4></a></span><div>But I am lost by the description of how to proceed since I do not have prior knowledge of python and how to do the mapping to CHIMERA (x,y,z) that is suggested. &nbsp;&nbsp;</div><div>I gather &nbsp;I need to write a python code - or numpy code maybe.&nbsp;Can you help or provide more context or a self-tutorial link so I can fill in the details? &nbsp;</div><div><br></div><div>Thank you,&nbsp;</div><div>Carol</div><div><br></div></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div></body></html>