<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear all, <br><br>I&#39;m would like tu use this following script to model with cryo-EM:<br><br>from modeller import *<br><br>log.verbose()<br>env = environ()<br><br>struct=&#39;./M60_9.pdb&#39;<br>

map=&#39;new_map.mrc&#39;  <br>resolution=10.2  <br>box_size=48 # how to define the box size ??<br>apix=1.88<br>x=90; y=63; z=23 #origin<br>steps=20<br><br># Read in cryo-EM density map<br>den = density(env, file=map, em_density_format=&#39;MRC&#39;,<br>

              voxel_size=apix, resolution=resolution, em_map_size=box_size,<br>              density_type=&#39;GAUSS&#39;, px=x,py=y,pz=z)<br><br># Fit the PDB file into the map by MC simulated annealing<br>den.grid_search(em_density_format=&#39;MRC&#39;, num_structures=1,<br>

                em_pdb_name=struct, chains_num=[1],<br>                start_type=&#39;CENTER&#39;, number_of_steps=steps,<br>                angular_step_size=30., temperature=100.,<br>                best_docked_models=1, translate_type=&#39;RANDOM&#39;,<br>

                em_fit_output_file=&#39;modem.log&#39;)<br clear="all"><br><br></div>But i got this error message:<br>_modeller.ModellerError: read_mrc_h_E&gt; Density map must be cubic, and of dimension em_map_size (48): actual dimensions (40, 40, 36)<br>

<br><br></div>What is exactly the box size? And how to define it?<br><br></div>Thank&#39;s <br><br></div>Aurore<br><br><div><div><div><div><div><div>-- <br><div dir="ltr">Aurore G. VAÏTINADAPOULÉ<br><br><a href="mailto:a.vaitinadapoule@inserm.fr" target="_blank">aurore</a><a href="mailto:a.vaitinadapoule@inserm.fr" target="_blank">.vaitinadapoule@inserm.fr</a><br>

<a href="mailto:a.vaitinadapoule@gmail.com" target="_blank">a.vaitinadapoule@gmail.com</a><br><br>PhD Student in Bioinformatics<br>INSERM UMR-S665, DSIMB Team,<br>Dynamique des Structures et <br>des Interactions des Macromolécules Biologiques <br>

<br>Mobile phone: +33(0) 778 18 52 07<br></div>
</div></div></div></div></div></div></div>