<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Okay, though in your example file the alignment is kind of trivial since the query and template are identical. &nbsp;Nonetheless, here is a simple Python script that will read I-Tasser PDB files and show the alignment. &nbsp;You run the script by giving Chimera the startup command-line arguments: &nbsp;--script "tasser.py threading1.pdb" (assuming both the script and the PDB file are in the folder you are currently in). &nbsp;You can also provide more than one of the PDB files if you want it to show several alignments. &nbsp;For more info about starting Chimera from the command line, go to this page:<div><br></div><div><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/startup.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/UsersGuide/startup.html</a></div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br></div><div></div></body></html>