<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div></div><div><br><div><div>On Dec 3, 2013, at 12:28 PM, Tom Duncan &lt;<a href="mailto:duncant@upstate.edu">duncant@upstate.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Eric,&nbsp;<div><br></div><div>It's not the structural info I want to extract - just the sequence alignment info.</div><div>See the remarks in the file header.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Tom<br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-size: 14px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; border-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="margin: 0px; "><font class="Apple-style-span" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">-----------------------------------------------------</span></font></div><div style="margin: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Thomas M. Duncan, Ph.D.</font></div><div style="margin: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Associate Professor</font></div><div style="margin: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Dept Biochemistry &amp; Molecular Biology</font></div><div style="margin: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">SUNY Upstate Medical University</font></div><div style="margin: 0px; "><font face="Helvetica" size="3" style="font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">Syracuse, NY</font></div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br><div><div>On Dec 3, 2013, at 3:00 PM, <a href="mailto:chimera-users-request@cgl.ucsf.edu">chimera-users-request@cgl.ucsf.edu</a> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Tahoma; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; ">Date: Tue, 3 Dec 2013 11:27:02 -0800<br>From: Eric Pettersen &lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>To: Tom Duncan &lt;<a href="mailto:duncant@upstate.edu">duncant@upstate.edu</a>&gt;<br>Cc: chimera-users BB &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>Subject: Re: [Chimera-users] reading PDB-format alignment files<br>Message-ID: &lt;<a href="mailto:9EF6E8D1-3C93-4C30-AD51-2B110CF5C813@cgl.ucsf.edu">9EF6E8D1-3C93-4C30-AD51-2B110CF5C813@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br><br>On Dec 3, 2013, at 7:47 AM, Tom Duncan &lt;<a href="mailto:duncant@upstate.edu">duncant@upstate.edu</a>&gt; wrote:<br><br><blockquote type="cite">Can Chimera read sequence alignments from PDB-format alignment files, such as those generated by the I-Tasser modeling server? Or are there scripts to convert them? I have attached an example file.<br></blockquote><br>Hi Tom,<br><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>Well, this "PDB" file doesn't conform to the PDB standard in a variety of ways, but the one you care about is the extra two columns on the ATOM records. &nbsp;The presence of those columns causes Chimera to skip those records. &nbsp;If you simply edit them out then Chimera displays the structure. &nbsp;I've attached an edited version of your file. &nbsp;I will open an enhancement-request ticket in our bug-tracking database for having Chimera ignore non-standard columns past the coordinate records (there are some standard columns that are supposed to be there!) and put you on the notification list for that ticket.<br><br>--Eric<br></span></blockquote></div><br></div></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div></body></html>