<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Julian,<div><br></div><div>&nbsp; The problem is that you create a large density map for your protein, but then Chimera doesn't display it at full resolution, because it is so large. &nbsp;To make Chimera display the contour surface of the full resolution map set the "Step" value in the volume viewer dialog to 1, or use the equivalent command "volume #0 step 1" after the molmap command.</div><div><br></div><div>&nbsp; Making the grid spacing 0.1 (40 times smaller than the resolution of 4 Angstroms) is likely to create a huge STL file that the printer will have trouble with, and it won't give any smoother appearance than say 0.4 I think.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div><br></div><div><br><div><div>On Nov 20, 2013, at 7:54 AM, Julian Gough &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Dear Tom,<div><br></div><div>I read what you wrote here:</div><div><br></div><div><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2013-May/008825.html">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2013-May/008825.html</a></div>
<div><br></div><div>I am really struggling to make an STL file for a coiled coil protein for 3D printing. What I see happening in Chimera does not seem to correspond to what you say, i.e. I use "molmap #0 4 grid 0.1" which according to you should be super-smooth -being far beyond what you suggest-, but the STL file that I export still has very large and obvious triangles.</div>
<div><br></div><div>I have played with it a great deal and I cannot find any way to control the number of triangles in the STL file. Whatever parameter I use for the grid, the output file is roughly similar in size. I can certainly fill the memory and crash it by making the grid smaller, but this is not reflected in the exported STL file.</div>
<div><br></div><div>ANy guidance much appreciated.</div><div><br></div><div>Julian</div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><pre>~~~~~~~~~~~~~~~~
Julian Gough
Professor of Bioinformatics
University of Bristol
Department of Computer Science
Merchant Venturers building
Woodland rd, Bristol, UK, BS8 1UB
Tel: +44 (0)117 3315221
Web: <a href="http://bioinformatics.bris.ac.uk/" target="_blank">http://bioinformatics.bris.ac.uk</a></pre></div>
</div></div>
<span>&lt;owen2.py&gt;</span><span>&lt;owen2.stl&gt;</span></blockquote></div><br></div></body></html>