<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=windows-1256">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1" style="word-wrap:break-word">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Thanks for the info Eric,<br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">&nbsp;- Mark<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF420543"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> Eric Pettersen [pett@cgl.ucsf.edu]<br>
<b>Sent:</b> Thursday, November 14, 2013 3:43 PM<br>
<b>To:</b> Mark Girvin<br>
<b>Cc:</b> George Tzotzos [gtzotzos@me.com]<br>
<b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] Residue selection<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>Yeah, waters with a blank chain ID are put in chain &quot;water&quot; and similarly residues in HETATM records with a blank chain ID are put in chain &quot;het&quot;. &nbsp;If the chain ID is non-blank, both get assigned the given chain ID rather than &quot;water&quot; or &quot;het&quot;.
<div><br>
</div>
<div>--Eric</div>
<div><br>
<div>
<div>On Nov 14, 2013, at 12:22 PM, Mark Girvin &lt;<a href="mailto:mark.girvin@einstein.yu.edu" target="_blank">mark.girvin@einstein.yu.edu</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="font-family:Helvetica; font-size:medium; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px; word-wrap:break-word">
<div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; font-size:10pt">Got it.&nbsp; And no problem - just not quite expected.<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>
<br>
So then chimera sets up internal chain names (like &quot;water&quot;) for some entries in PDB files? I don't think George's file had any internal chain entries, or HETATM lines.<br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">&nbsp;- Mark<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="font-family:'Times New Roman'; font-size:16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF218803" style="direction:ltr"><font face="Tahoma" size="2"><b>From:</b><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>Eric Pettersen [<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>]<br>
<b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>Thursday, November 14, 2013 2:50 PM<br>
<b>To:</b><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>Mark Girvin<br>
<b>Cc:</b><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>George Tzotzos; chimera List<br>
<b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>Re: [Chimera-users] Residue selection<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>Yeah, the :127@O behavior is deliberate. &nbsp;If you omit the chain ID, it only matches single-character chain IDs (i.e. not chain ID &quot;water&quot; or &quot;het&quot;). &nbsp;This choice was made so that if your structure has a bunch of waters that so happen to have the same numbers
 as various polymeric residues, :127 will get the polymeric residue(s) but not the waters. &nbsp;This behavior was more important before the PDB remediation a few years back where such occurrences were commonplace. &nbsp;Now, in standard PDB files waters are frequently
 assigned specific chain IDs and therefore have different numbers than the polymeric residues. &nbsp;Chimera's behavior still matters for non-standard PDB files generated by various programs.
<div><br>
</div>
<div>If I were making the decision about Chimera's behavior<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><i>today</i>, given that the issue no longer affects standard PDB files, it might go the other way (it might not), but I don't feel strongly enough to change
 anything. &nbsp;A bunch of complaining could change my mind. :-)</div>
<div><br>
</div>
<div>--Eric</div>
<div><br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br>
<br>
</div>
<div><br>
<div>
<div>On Nov 14, 2013, at 7:44 AM, Mark Girvin &lt;<a href="mailto:mark.girvin@einstein.yu.edu" target="_blank">mark.girvin@einstein.yu.edu</a>&gt; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="font-family:Helvetica; font-size:medium; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px">
<div style="direction:ltr; font-family:Tahoma; font-size:10pt">I don't know why that doesn't work, but:<br>
<br>
select :WAT@O<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>
<br>
seems to (if you only have the one water in your pdb file), as does:<br>
<br>
select :127.water@O&nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>
<br>
(which would presumably limit the selection to the one water molecule)<br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">&nbsp;- Mark<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="font-family:'Times New Roman'; font-size:16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF647433" style="direction:ltr"><font face="Tahoma" size="2"><b>From:</b><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu</a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>[<a href="mailto:chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu" target="_blank">chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu</a>]
 on behalf of George Tzotzos [<a href="mailto:gtzotzos@me.com" target="_blank">gtzotzos@me.com</a>]<br>
<b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>Thursday, November 14, 2013 8:08 AM<br>
<b>To:</b><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>chimera List<br>
<b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>[Chimera-users] Residue selection<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div class="PlainText">I'm attaching a pdb file of a protein ligand complex with a single conserve water molecule.&nbsp; The pdb file was constructed with Antechamber Leap. The water molecule is numbered as residue 127. When I try to select using: select :127 nothing
 happens. Selection works with: select :WAT<br>
<br>
The problem is that I need to monitor the distance between :127@O and a particular atom in the binding site of the protein during an MD trajectory.<br>
<br>
My question is if I'm doing something wrong with the residue selection.<br>
<br>
Many thanks in advance for your help<br>
<br>
Regards<br>
<br>
George<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div class="PlainText">_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>