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<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">I don't know why that doesn't work, but:<br>
<br>
select :WAT@O <br>
<br>
seems to (if you only have the one water in your pdb file), as does:<br>
<br>
select :127.water@O&nbsp; <br>
<br>
(which would presumably limit the selection to the one water molecule)<br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">&nbsp;- Mark<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF647433"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu [chimera-users-bounces@cgl.ucsf.edu] on behalf of George Tzotzos [gtzotzos@me.com]<br>
<b>Sent:</b> Thursday, November 14, 2013 8:08 AM<br>
<b>To:</b> chimera List<br>
<b>Subject:</b> [Chimera-users] Residue selection<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div class="PlainText">I'm attaching a pdb file of a protein ligand complex with a single conserve water molecule.&nbsp; The pdb file was constructed with Antechamber Leap. The water molecule is numbered as residue 127. When I try to select using: select :127 nothing
 happens. Selection works with: select :WAT<br>
<br>
The problem is that I need to monitor the distance between :127@O and a particular atom in the binding site of the protein during an MD trajectory.<br>
<br>
My question is if I'm doing something wrong with the residue selection.<br>
<br>
Many thanks in advance for your help<br>
<br>
Regards<br>
<br>
George<br>
<br>
</div>
</span></font></div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:10pt">
<div class="PlainText">_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
</div>
</span></font></div>
</div>
</div>
</div>
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