<div dir="ltr">Hi Elaine,<div>Sorry to bother you again. </div><div><br></div><div>I tried to generate a similar figure for the PDB id: 1U19. I am interested in showing the surface around the ligand Retinal which is covalently bound to rhodopsin.</div>
<div><br></div><div>The surface shown here looks a bit weird. Kindly check the attachment. Only part of the surface around the ligand is shown. Moreover the cavity remains closed. </div><div><br></div><div>I don&#39;t know how to adjust the parameters. I tried many options. But I couldn&#39;t extend the contact area so that it covers the whole ligand.</div>
<div><br></div><div>Are there any options to do the same for apo structures?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>vigneshwari</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Sat, Nov 9, 2013 at 6:09 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Vigneshwari,<br>
You can see the manual page by using command &quot;help measure&quot; or you can see it on our website here:<br>
<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/measure.html" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/measure.html</a>&gt;<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/measure.html#contactArea" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/measure.html#contactArea</a>&gt;<br>
<br>
Best,<br>
<div class="im HOEnZb">Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5">On Nov 9, 2013, at 3:31 AM, vigneshwari subramanian wrote:<br>
<br>
&gt; Hi Elaine,<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you so much for your timely help. I could actually make the same figure. I need to do the same for our dataset.<br>
&gt;<br>
&gt; It would be really helpful if you can tell me what each of these parameters mean. I think you gave an overview. But I would like to know what each of these mean.<br>
&gt;<br>
&gt; 3 slab -.1,0<br>
&gt;<br>
&gt;  measure contactArea #0.2 #0.1 3 slab -.1,0 color tan<br>
&gt; measure contactArea #0.2 #0.1 2.99 slab -.11,-.01 color cornflowerblue<br>
&gt;<br>
&gt; I checked the manual. But I couldn&#39;t find any information about measure contactArea.<br>
&gt;<br>
&gt; I am there in the chimera list.<br>
&gt;<br>
&gt; regards,<br>
&gt; vigneshwari<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>