<html style="scrollbar-base-color: ; scrollbar-face-color: ; scrollbar-shadow-color: ; scrollbar-highlight-color: ; scrollbar-3dlight-color: ; scrollbar-darkshadow-color: ; scrollbar-track-color: ; scrollbar-arrow-color: " tabindex="-1">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta content="IE=10" http-equiv="X-UA-Compatible">
<meta name="GENERATOR" content="MSHTML 8.00.6001.19298">
<style style="DISPLAY: none" id="owaParaStyle">P {
        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px
}
</style>
</head>
<body style="OUTLINE-STYLE: none; OUTLINE-COLOR: invert; OUTLINE-WIDTH: medium" dir="ltr" tabindex="0" jQuery17208790652769395031="515" aria-label="Message body" fPStyle="1">
<div name="divtagdefaultwrapper" id="divtagdefaultwrapper" style="font-family: Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size: 12pt; color: #000000; margin: 0">
<p class="owaPara">Hi Tom,</p>
<p class="owaPara">&nbsp;</p>
<p class="owaPara">I was in fact surprised that the operations you described actually worked - I did not comprehend what I was doing!</p>
<p class="owaPara">&nbsp;</p>
<p class="owaPara">But, my normal to the plane (cylinder) had a large unseemly diameter and too long a length. How can I control those? In the picture you attached, they look very nice. I also don't necessarily need the normal on both sides of the plane.</p>
<p class="owaPara">&nbsp;</p>
<p class="owaPara">Thanks</p>
<p class="owaPara">&nbsp;</p>
<p class="owaPara">Ajay</p>
<p class="owaPara">&nbsp;</p>
<p class="owaPara">&nbsp;</p>
<p class="owaP"></p>
<div style="COLOR: #282828">
<hr style="WIDTH: 98%; DISPLAY: inline-block" tabindex="-1">
<div dir="ltr" id="divRplyFwdMsg"><font style="FONT-SIZE: 11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>From:</b> Tom Goddard &lt;goddard@sonic.net&gt;<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, October 15, 2013 8:09 PM<br>
<b>To:</b> Pande, Ajay K<br>
<b>Cc:</b> chimera-users@cgl.ucsf.edu List<br>
<b>Subject:</b> Re: [Chimera-users] Normal to the plane of the aromatic ring at the centroid</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<div>Hi Ajay,
<div><br>
</div>
<div>&nbsp; Ok, I have a totally twisted way to do this in Chimera. &nbsp;Select the ring atoms, say with the mouse (shift ctrl click each atom). &nbsp;Then</div>
<div><br>
</div>
<div><span style="WHITE-SPACE: pre" class="Apple-tab-span"></span>measure inertia sel</div>
<div><br>
</div>
<div>This shows an inertia ellipsoid centered on the atoms. &nbsp;Then how about just stretching the ellipsoid perpendicular to the plane and squeezing it in the plane to make a cigar? &nbsp;I thought I could do that with the sop transform command, but no such luck.
 &nbsp;So instead make a second inertia ellipsoid, rotate it, then show the rotation axis:</div>
<div><br>
</div>
<div><span style="WHITE-SPACE: pre" class="Apple-tab-span"></span>measure inertia sel</div>
<div><span style="WHITE-SPACE: pre" class="Apple-tab-span"></span>turn 0.428,0.497,0.755 90 center #2 model #2 coord #2</div>
&nbsp;<span style="WHITE-SPACE: pre" class="Apple-tab-span"> </span>measure rotation #1 #2 color pink
<div><br>
</div>
<div>In the turn command I used the axis taken from the reply log given by the measure inertia command (v3, axis with largest inertia). &nbsp;Picture attached. &nbsp;Ok, this should be easier in Chimera!</div>
<div><br>
</div>
<div><span style="WHITE-SPACE: pre" class="Apple-tab-span"></span>Tom</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img id="c719096f-143c-42ab-a6ed-6d745bdbe5bb" width="900" height="857" src="cid:4366A083-E964-4CE7-A651-B1F68AA4A781@cgl.ucsf.edu"><br>
<div>
<div><span style="WHITE-SPACE: pre" class="Apple-tab-span"></span></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div>On Oct 14, 2013, at 2:10 PM, &quot;Pande, Ajay K&quot; wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="WIDOWS: 2; TEXT-TRANSFORM: none; TEXT-INDENT: 0px; FONT: medium Helvetica; WHITE-SPACE: normal; ORPHANS: 2; LETTER-SPACING: normal; WORD-SPACING: 0px" dir="ltr" tabindex="0">
<div style="MARGIN: 0px; FONT-FAMILY: Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; FONT-SIZE: 12pt" id="divtagdefaultwrapper" name="divtagdefaultwrapper">
How would I draw a normal to the plane of an aromatic ring, at its centroid?<br>
<br>
Thanks<br>
<br>
Ajay Pande<br>
</div>
_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>