<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>On Oct 14, 2013, at 2:10 PM, "Pande, Ajay K" &lt;<a href="mailto:apande@albany.edu">apande@albany.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div tabindex="0" aria-label="Message body" fpstyle="1" dir="ltr" style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div name="divtagdefaultwrapper" id="divtagdefaultwrapper" style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; margin: 0px; ">How would I draw a normal to the plane of an aromatic ring, at its centroid?</div></div></blockquote><br></div><div>Hi Ajay,</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>There's not a 100% direct way in Chimera, but what you can do is this:</div><div><br></div><div>1) Define the plane of the aromatic ring using the Axes/Planes/Centroids tool.</div><div><br></div><div>2) Use that tool's Save button to save the plane info to a file. &nbsp;The info will include the plane center and normal.</div><div><br></div><div>3) Create a "BILD"-format file defining an arrow (BILD format here: &nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/bild.html">BILD format</a>). &nbsp;The start of the arrow would be at the center of the plane and the end (arrowhead) at the center plus some multiple of the normal. &nbsp;Since the normal is of length 1, maybe two or three times the normal would look okay. &nbsp;Also, the parameter that determines the width of the arrowhead should probably be reduced from the default value (4 times the arrow width) unless you make the arrow length considerably longer. &nbsp;Anyway, an example:</div><div><br></div><div>.arrow 16.692 32.583 17.432 16.583 31.740 17.959 0.1 0.2</div><div><br></div><div>which shows a normal to the aromatic six-member ring of the ligand in PDB 121P. &nbsp;The plane info was:</div><div><br></div><div><div>Planes</div><div>plane name, center, normal, radius</div><div>plane: ( 16.692, &nbsp;32.583, &nbsp;17.432) (-0.109, -0.843, &nbsp;0.527) 1.446</div><div><br></div><div>3) Open the BILD file with the "open" or the File-Open menu item. &nbsp;Make sure the file name ends with ".bild". &nbsp;If the structure is the only other open model (or has the lowest model number), the arrow will be oriented correctly relative to the structure. &nbsp;Otherwise, you will either have to use an open command that also specifies that you want the BILD opened in the same model number as the structure (<i>e.g.</i>&nbsp;"open 5 myarrow.bild") or use the "transform as" button in the Model Panel to make the arrow have the same transformation matrix as the structure (which can also be accomplished with the matrixcopy command).</div><div><br></div><div>--Eric</div></div><br><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>Eric Pettersen</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span></span>UCSF Computer Graphics Lab</font></p><p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><font face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><span class="Apple-converted-space">&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;</span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></p><br class="Apple-interchange-newline"></span>
</div>
<br></body></html>