<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi&nbsp;Pin-Chih,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>You should really report bugs to chimera-bugs instead of chimera-users. &nbsp;I will open a ticket for this problem in our bug-tracking database so you'll know when a fix gets done (and will show up in the next daily build).</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>That said, I'm pretty sure the fix is for you to edit the file&nbsp;/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/chimera/preset.py and just above line 183 (which should start with "with nested(NA…") put "import chimera.update" with the same indentation that the "with nested(NA…" line has.</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;Eric Pettersen<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;UCSF Computer Graphics Lab<br>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br><br><div><div>On Oct 10, 2013, at 5:41 PM, psu4@uic.edu wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear Elaine and Eric,<br><br></div>&nbsp;&nbsp; Really appreciate your kind help!&nbsp; Sorry for the late reply.&nbsp; We were busy on the other project. <br><br></div>&nbsp;&nbsp; Our volunteer Kevin modified Eric's python script.&nbsp;&nbsp; Then we execute the remote <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html" target="_blank">headless <span class="">Chimera</span></a> by the command "<span class="">chimera</span>", and "open recoding_movie_kevin.py"<br>
<div><br></div><b>The following error message will pop out</b>&nbsp;&nbsp;
 : <br><div><br>&gt; open /work/02444/drugsu/recoding_movie_kevin.py<br>Executing /work/02444/drugsu/recoding_movie_kevin.py...<br>Reading Amber prmtop<br>Done reading Amber prmtop<br>Creating interface<br>Creating bonds<br>
Bonds created<br>Assigning chain ID A to 259 residues, e.g. GLY<br>Model 2 (AAA_with_AAA_91_12A_prod_v0_l1.mdcrd) appears to be a protein without secondary structure assignments.<br>Automatically computing assignments using 'ksdssp' and parameter values:<br>
&nbsp; energy cutoff -0.5<br>&nbsp; minimum helix length 3<br>&nbsp; minimum strand length 3<br>Use command 'help ksdssp' for more information.<br><br>Computing secondary structure assignments...<br>Computed secondary structure assignments (see reply log)<br>
Interface created<br><br>Traceback (most recent call last):<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/ReadStdin/__init__.py", line 79, in _runCommand<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; chimera.runCommand(cmd)<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/chimera/__init__.py", line 2608, in runCommand<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; makeCommand(*args, **kw)<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/Midas/midas_text.py", line 69, in makeCommand<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; f(c, args)<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/Midas/midas_text.py", line 1570, in doOpen<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; modelArg, noprefs)<br>&nbsp; File "&lt;string&gt;", line 1, in &lt;module&gt;<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/Midas/__init__.py", line 2090, in open<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; noprefs=noprefs)<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/chimera/__init__.py", line 1817, in open<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; models = func(filename, *args, **kw)<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/chimera/__init__.py", line 1196, in _openPython<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; loadFunc(sandboxName, fileName, f)<br>&nbsp; File "recoding_movie_kevin.py", line 39, in &lt;module&gt;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; runCommand('preset apply pub 1')<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/chimera/__init__.py", line 2608, in runCommand<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; makeCommand(*args, **kw)<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/Midas/midas_text.py", line 69, in makeCommand<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; f(c, args)<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/Midas/midas_text.py", line 1676, in doPreset<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; mgr.applyPreset(type, vals[1])<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/chimera/preset.py", line 107, in applyPreset<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; func()<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/chimera/preset.py", line 36, in &lt;lambda&gt;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; lambda:preset(publication=True, depthCued=False), False)<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/chimera/preset.py", line 183, in preset<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; with nested(NA.blockUpdates(), chimera.update.blockFrameUpdates()):<br>AttributeError: 'module' object has no attribute 'update'<br><br>AttributeError: 'module' object has no attribute 'update'<br>
<br>&nbsp; File "/work/02444/drugsu/chimera_headless/share/chimera/preset.py", line 183, in preset<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; with nested(NA.blockUpdates(), chimera.update.blockFrameUpdates()):<br><br>See reply log for Python traceback.<br>
</div><br></div>&nbsp;If we use the GUI chimera and open this script, it will work properly. &nbsp; We have searched the mailing list but didn't see similar error messages.&nbsp; If not too much asking, could you kindly offer some solutions?&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please forgive any ignorance, if any.&nbsp; <br>
<br></div>&nbsp; Cheers,<br><div>&nbsp; Pin-Chih<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 18, 2013 at 4:23 PM, Eric Pettersen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On Sep 18, 2013, at 12:11 PM, <a href="mailto:psu4@uic.edu">psu4@uic.edu</a> wrote:<br>
<br>
</div><div><div class="h5">&gt; Dear Chimera,<br>
&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; Since we run a lot of Amber MD simulation in remote clusters, &nbsp;we wonder if there is any Chimera command that can record the Amber MD trajectories remotely and save them as avi (or any other movie file formats)? &nbsp; If this is feasible, then we don't have to download all the trajectories to local and make the trajectory movies manually. &nbsp; &nbsp;We have searched the Chimera user manual but didn't see any command. &nbsp; If there are related commands which we didn't see, please forgive us : ) &nbsp; Thanks.<br>

&gt;<br>
&gt; &nbsp; &nbsp;* There is a way to activate X11 forwarding and use remote Chimera GUI to do this, but it's extremely slow and prone to freeze the computer.<br>
<br>
</div></div>Hi Henry,<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; The trick is to get the trajectory loaded without using the graphical user interface. &nbsp;When dinosaurs roamed the earth and the MD Movie tool was being designed, we didn't recognize the importance of providing command-line versions of all important functions and therefore the MD Movie is very much unfriendly to non-GUI usage like what you are trying to do. &nbsp;Nonetheless, in Python almost anything is possible and indeed non-GUI loading of trajectories is possible using a short Python script. &nbsp;I've attached such a script. &nbsp;You would need to edit the second line of the script to specify where the topology and coordinate files are. &nbsp;Then you can run it simply by opening it with the "open"command.<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; The other trick is that you will need to get the "headless" version of Chimera from the download page in order to be able to save images/movies without using the GUI.<br>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Let me know if you run into any problems.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--Eric<br>
<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr"><br>Pin-Chih Su (Henry Su)<br><br>Ph.D. canditate&nbsp;<br><br>Center for Pharmaceutical Biotechnology (MC 870)<br><br>College of Pharmacy, University of Illinois at Chicago<br>
<br>900 South Ashland Avenue, Room 1052<br><br>Chicago, IL 60607-7173<br><br>office&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 312-996-5388<br><br>fax&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 312-413-9303<br><br></div>
</div>
<span>&lt;recording_movie_kevin.py&gt;</span>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br>Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div><br><br><div apple-content-edited="true">
</div>
<br></body></html>