<div dir="ltr"><div><div>I calculated the coulombic surface and the electrostatic surface 
for my molecule. They show a significant difference in the shape of a 
small surface area. For the electrostatic surface, I converted the pdb 
file into a pqr file using the pdb2pqr called from chimera. Then I ran 
APBS also from within Chimera. When I display this surface it exhibits a
 strong protrusion in an area where there is no side chain. This 
protrusion is not present in the Coulombic surface. Any idea where this 
is coming from? <br>
<br></div>Thanks<br><br></div>Ursula<br clear="all"><div><br>-- <br>Ursula Schulze-Gahmen, Ph.D.<br>Assistant Researcher<br>UC Berkeley, QB3<br>356 Stanley Hall #3220<br>Berkeley, CA 94720-3220<br>
</div></div>