<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div dir="ltr"><span>Thank you very much. My problem is solved.</span></div><div><br></div>  <div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <hr size="1">  <font size="2" face="Arial"> <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> A Amiri &lt;atefeh_amiri23@yahoo.com&gt; <br><b><span style="font-weight: bold;">Cc:</span></b> "chimera-users@cgl.ucsf.edu" &lt;chimera-users@cgl.ucsf.edu&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Tuesday, 17 September 2013, 22:08:52<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> join models C-N peptide bond<br> </font> </div>
 <div class="y_msg_container"><br><div dir="ltr">Hello,<br></div><div dir="ltr">I assume you have already also chosen the "C-N peptide bond" option in Join Models and that the C is the backbone C of the last residue in a peptide chain in one model and the N is the backbone N of the first residue in a peptide chain in a different model.<br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">If all of the above are true, the most likely problem is that you have selected more than 2 atoms.&nbsp; For example, if you just select on the ribbon with the mouse, it selects the whole residue, not just an atom in the residue.&nbsp; You can see how many atoms you have selected by clicking the green magnifying glass near the bottom right corner of the Chimera window.&nbsp; The resulting dialog will show how many atoms are selected.<br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">To select only two atoms, display atoms instead of ribbons and then use the mouse to select
 them.&nbsp; For example, to show only peptide backbone atoms, you could use commands:<br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">~ribbon<br></div><div dir="ltr">show protein &amp; @n,ca,c,o<br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">The selection could be done with the mouse (Ctrl-click on one atom, Shift-Ctrl-click on the other) or with commands, for example:<br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">sel #0:<a ymailto="mailto:368.A@C" href="mailto:368.A@C">368.A@C</a> #1:<a ymailto="mailto:1.A@N" href="mailto:1.A@N">1.A@N</a><br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">(of course, the exact command would depend on the residue numbers and chain IDs in your structures)<br></div><div dir="ltr">I hope this helps,<br></div><div dir="ltr">Elaine<br></div><div dir="ltr">----------<br></div><div dir="ltr">Elaine C. Meng, Ph.D. <br></div><div dir="ltr">UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br></div><div
 dir="ltr">Department of Pharmaceutical Chemistry<br></div><div dir="ltr">University of California, San Francisco<br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">On Sep 17, 2013, at 2:44 AM, A Amiri &lt;<a ymailto="mailto:atefeh_amiri23@yahoo.com" href="mailto:atefeh_amiri23@yahoo.com">atefeh_amiri23@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br></div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">&gt; Hello.<br></div><div dir="ltr">&gt; I have a problem with chimera! i want to join two pdb file together by C-N peptide bond. Actually this is a modeling of a fusion protein that one part of its, is a protein and another part&nbsp; is a linker. I need a complete structure.<br></div><div dir="ltr">&gt; I select the carbon atom from one model and nitrogen atom from another model. I use the "build structure&lt;join modesl" menu for this purpose but&nbsp; the "apply" button is inactive still and i don't know how i can&nbsp; activate it!<br></div><div dir="ltr">&gt; please help
 me.<br></div><br><br></div> </div> </div>  </div></body></html>