<div dir="ltr"><div><div>Thanks, Elaine.<br><br></div>It worked, I will make sure I will send an email to the users list next time.<br><br>Thanks!<br></div>PP<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Wed, Sep 18, 2013 at 4:09 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Pradeep,<br>
That message is saying you must specify the density map.  I.e. if the atomic structure is model #0 and the density map is model #1, the command could be something like<br>
<br>
vop cover #1 atom #0<br>
<br>
Command usage and options:<br>
&lt;<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#cover" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/vop.html#cover</a>&gt;<br>
<br>
Elaine<br>
-----<br>
<div class="im">Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
</div>P.S. it is recommended you send Chimera questions to <a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> instead of to me directly - thanks!<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Sep 18, 2013, at 2:02 PM, Pradeep Pallan wrote:<br>
<br>
&gt; Hi Elaine,<br>
&gt;<br>
&gt; I was looking at using vop cover. I have a case where part of the molecule<br>
&gt; is not within electron density box. The map cuts off at the unit cell dimensions,<br>
&gt; and my space group is P1. Where I need edensity is approximately at y= -10.<br>
&gt; When I try the command<br>
&gt; &#39;vop cover &quot;atom&quot;&#39;, it gives the message &quot;file.pdb is not a volume&quot;.<br>
&gt;<br>
&gt; Is this the right way of getting the molecule covered in e density or do I need<br>
&gt; to use a different option.<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you,<br>
&gt; PP<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>-------------------------------------------------------------------<br>Pradeep Pallan
</div>