<div dir="ltr"><div>Must add that I had also tried &quot;Join Models&quot; at no avail. Restraing concerned dihedrals, through tmsd-colvars applied to the CA atom, so that the side chains could move. With &quot;Join Models&quot; I was  therefore unable to get the continuous alpha helix shape: formation of the new peptide bond resulted in a kinked alpha helix, no matter how I dealt with the &quot;Join Models&quot; entries. What I need is that the new peptide bond is formed without altering the dihedrals based on the CA atoms.<br>
<br></div>francesco pietra <br><div><div><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Francesco Pietra</b> <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chiendarret@gmail.com">chiendarret@gmail.com</a>&gt;</span><br>
Date: Mon, Aug 26, 2013 at 8:02 PM<br>Subject: Make bonds in a large polypeptide<br>To: chimera &lt;<a href="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br><br><br><div dir="ltr"><div><div><div><div>
Hello;<br></div>Is there a limit in the number of atoms when using the function &quot;make a bond&quot;? I was trying that in a polypeptide of 450 standard residues (I made it a single model) and it did not work.<br>
<br></div>Just to not be cryptic, that need arises from having modeled by special techniques the initial portion of the polypeptide. Now I would like to replace that portion with the modeled one. I had restrained with rmsd-colvars the dihedrals of a short stretch of alpha helix, so that I could align the modeled portion with the polypeptide.<br>

<br></div>thanks<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">francesco pietra<br></font></span></div>
</div><br></div></div></div>