
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; ">

<div>I am trying to minimize a protein structure and run into the following error:</div>

<div><br>

</div>

<div>'No MMTK name for atom "HND1" in standard residue "HIS"'</div>

<div><br>

</div>

<div>My .pdb file specifies this atom as ND1, and if I change it to HND1 it still gives me the same error. Does anyone have any suggestions for a solution?</div>

<div><br>

</div>

<div>The reply log is below:</div>

<div><br>

</div>

<div>Thanks</div>

<div>Jason</div>

<div>

<div><br>

</div>

<div>No incomplete side chains</div>

<div>No SEQRES records for COMMD1_C_terminus_c.2.0.pdb (#0) chain A; guessing terminii instead</div>

<div>Chain-initial residues that are actual N terminii: GLY 1.A</div>

<div>Chain-initial residues that are not actual N terminii: </div>

<div>Chain-final residues that are actual C terminii: ASN 73.A</div>

<div>Chain-final residues that are not actual C terminii: </div>

<div>42 hydrogen bonds</div>

<div>Hydrogens added</div>

<div>Charge model: AMBER ff99SB</div>

<div>Non-standard atom names:</div>

<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>HIS HND1 (HIS 17.A HND1, HIS 22.A HND1)</div>

<div>Total charge for #0: -4.000</div>

<div>Correct charges are unknown for 1 non-standard atom names in otherwise standard residues</div>

<div><br>

</div>

<div>Charges of 0.0 were assigned to the unknown atoms</div>

<div><br>

</div>

<div>Details in reply log</div>

<div><br>

</div>

<div>No MMTK name for atom "HND1" in standard residue "HIS"</div>

<div><br>

</div>

<div><br>

</div>

</div>

</body>

</html>