<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style><style type="text/css"></style><style type="text/css"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hello, may i know how to i use Chimera to calculate RMSD ? I opened the command line and typed &quot;rmsd #0 #1&quot; but the rmsd that i received from the two molecules above is way too
 high for something this superimposed. Can someone please suggest what should i do ?
<div><br>
</div>
<div>Meanwhile, i've also received error warnings for other molecules that i am testing (along the lines of &quot;different number of atoms&quot; found). this should not be the case as the molecules are identical to one another. Any help regarding this is much appreciated
 !</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks !</div>
</div>
</body>
</html>