<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi William,<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>I'm happy you find Chimera useful! &nbsp;You certainly are using it in inventive ways. :-) &nbsp;That said, unfortunately I don't think the approach you outlined will ultimately work very well. &nbsp;Besides the issue of combining the surfaces, there is also the issue that a Surfnet surface isn't "attached" to the atoms underneath in any way -- it is fixed in space (though it rotates/translates with the associated model). &nbsp;So, as the protein moves during the simulation, surfaces generated during early frames will either float away or into the atoms that they "surface".</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>My suggestion would be to use the Find Clashes/Contacts tool to select the swath of protein atoms contacted during the simulation and then surface those atoms afterward (molecular surface, not Surfnet surface). &nbsp;One possible recipe for that would be:</div><div><br></div><div>1) Select your ligand</div><div>2) Open the Find Clashes/Contacts tool (in Structure Analysis)</div><div>3) Designate the ligand atoms for checking against all other atoms</div><div>4) Use default contact criteria</div><div>5) Click 'Select' (only) as the treatment for contact atoms</div><div>6) Change frequency of checking to "continuously"</div><div>7) Change selection mode (in Select menu) to "append"</div><div>8) Run the simulation</div><div>9) Close Find Clash dialog</div><div>10) Unselect ligand ("sel sel &amp; ~ligand")</div><div>11) Surface the selected atoms (Actions-&gt;Surface-&gt;show)</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>There is a fly in the ointment in that Find Clash doesn't honor the selection mode. &nbsp;I have committed a change so that it does, so assuming the nightly build works tonight you should be able to download a build tomorrow that does honor the selection mode (look for builds dated July 31 or later).</div><div><br></div><div>--Eric</div><div><br></div><div><div><div>On Jul 31, 2013, at 4:12 PM, William McDonald wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear Chimera Developers,<br><br></div>First, thank you all for such a wonderful program! Also, thanks to the users' list for such quick, thorough, and always-helpful answers!<br><br></div>
Second, a little background: I have a gromacs MD simulation (well several, actually) of a small ligand diffusing through a protein. Because the ligand requires the entire simulation to traverse the protein cavity, I was thinking of using the Surfnet tool to accumulate or "build-up" the cavity interface between the ligand and protein using a per-frame python script a la Eric's suggestion in the Dec 2009 [Chimera-users] Surfnet command line thread on this mailing list. I was thinking I could then "prune" the accumulated SurfaceModel using the surfvol.py script available on the <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts</a> download page.<br>
<br></div>Now, I can generate a Surfnet surface easily (as Eric points out) for each MD frame using the python commands<br><br></div><div>from Surfnet import interface_surfnet<br>interface_surfnet("LigandAtoms","ProteinAtoms")<br>
<br></div><div>But how, if possible, can I combine all the individual SurfaceModels into one surface? Also, and not secondarily, does this seem like a reasonable approach to obtain the ligand-protein cavity surface?<br><br>
</div><div>Thanks again for all your generous support.<br></div><div>-- <br>William J. McDonald<br>Postdoctoral Scholar<br>Department of Chemistry and Biochemistry<br>University of California, Santa Cruz<br>

</div></div>
_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div></body></html>