<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear Chimera Developers,<br><br></div>First, thank you all for such a wonderful program! Also, thanks to the users&#39; list for such quick, thorough, and always-helpful answers!<br><br></div>
Second, a little background: I have a gromacs MD simulation (well several, actually) of a small ligand diffusing through a protein. Because the ligand requires the entire simulation to traverse the protein cavity, I was thinking of using the Surfnet tool to accumulate or &quot;build-up&quot; the cavity interface between the ligand and protein using a per-frame python script a la Eric&#39;s suggestion in the Dec 2009 [Chimera-users] Surfnet command line thread on this mailing list. I was thinking I could then &quot;prune&quot; the accumulated SurfaceModel using the surfvol.py script available on the <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/wiki/Scripts</a> download page.<br>
<br></div>Now, I can generate a Surfnet surface easily (as Eric points out) for each MD frame using the python commands<br><br></div><div>from Surfnet import interface_surfnet<br>interface_surfnet(&quot;LigandAtoms&quot;,&quot;ProteinAtoms&quot;)<br>
<br></div><div>But how, if possible, can I combine all the individual SurfaceModels into one surface? Also, and not secondarily, does this seem like a reasonable approach to obtain the ligand-protein cavity surface?<br><br>
</div><div>Thanks again for all your generous support.<br></div><div><div><div><div><div>-- <br>William J. McDonald<br>Postdoctoral Scholar<br>Department of Chemistry and Biochemistry<br>University of California, Santa Cruz<br>

</div></div></div></div></div></div>