<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Also, you should try with the FoldX program (<a href="http://foldx.crg.es/">http://foldx.crg.es/</a>). The program will take your  &quot;wild type&quot;structure and make the mutation (whatever you want), then perform the calculation of the free energy. It is worth nothing that the study of the metal ion-protein interaction by molecular modeling, MD or related methods is not trivial.</div>
<div><br></div><div>Best regards,</div><div><br></div><div>Aldo</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/7/30 Alper Yilmaz <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:alperyilmaz@gmail.com" target="_blank">alperyilmaz@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<br><br>We are conducting a study to figure out the best amino acid mutation for increased affinity for a particular metal ion. <br>
I&#39;m pretty novice in this field so I wanted to get suggestions as to my approach makes sense or not.<br>
I&#39;ll write a demo script (more probably python script) to substitute certain amino acids with all standard amino acids and then minimize the structure. <br>As far as I know, Chimera can not calculate free energy, so I will save the PDB files and then use another program to calculate the free energy.<br>

<br>My first question is, whether the commands below are appropriate for my purpose or not? The sample below is a snippet from an exhaustive list. I preferred to save the information regarding clashes before the minimization just to keep record.<br>

<br>swapaa ala :22.a<br>findclash :22.a log true saveFile clash_report_22ala<br>minimize nogui true<br>write #0 test_22ala<br>swapaa val :22.a<br>findclash :22.a log true saveFile clash_report_22val<br>minimize nogui true<br>

write #0 test_22val<br>swapaa ile :22.a<br>findclash :22.a log true saveFile clash_report_22ile<br>minimize nogui true<br>write #0 test_22ile<br>...<br><br>My second question is, when I have many PDB files, which software is suitable for calculating the free energy for each.<br>

<br>Thanks,<br><br><br>Assist.Prof.Dr. Alper YILMAZ<div><div>Department of Bioengineering</div><div>Faculty of Chemical and Metallurgical Engineering</div><div>Yildiz Technical University</div><div>Esenler, Istanbul/TURKEY 34210</div>

<div>Phone: <a href="tel:%2B90.212.383-4657" value="+902123834657" target="_blank">+90.212.383-4657</a> (office)</div><div>Fax: <a href="tel:%2B90.212.383-4625" value="+902123834625" target="_blank">+90.212.383-4625</a></div>
</div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
Chimera-users mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">=========================================<br>Aldo Segura-Cabrera<br>Postdoctoral Fellow<br>Division of Experimental Hematology and Cancer Biology<br>
<span>Cincinnati Children&#39;s Hospital Medical Center</span><br>3333 Burnet Ave, MLC 7019, Cincinnati OH 45229<br>e-mail: <a href="mailto:asegurac@ipn.mx" target="_blank">Aldo.Segura-Cabrera@cchmc.org</a>; <a href="mailto:aldosegura@gmail.com" target="_blank">aldosegura@gmail.com</a><br>
=========================================</div>
</div></div>