<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:14pt"><div id="yiv3928726556"><div><div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 14pt; "><div id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_54"><span id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_93">Hi Elaine,</span></div><div id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_54" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 19px; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; background-color: transparent; font-style: normal; "><span id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_96"><br id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_104"></span></div><div id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_54" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 19px; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; background-color: transparent; font-style:
 normal; "><span id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_101">I followed the protocol shown in the video tutorial (the link you provided), unfortunately it did'nt help. Is there any other way I can tackle the problem?</span></div><div id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_54" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 19px; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; background-color: transparent; font-style: normal; "><span id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_107"><br id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_113"></span></div><div id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_54" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 19px; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; background-color: transparent; font-style: normal; "><span id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_110">Thanks</span></div><div id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_54" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 19px; font-family: 'times new
 roman', 'new york', times, serif; background-color: transparent; font-style: normal; "><span id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_116"><br id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_122"></span></div><div id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_54" style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 19px; font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; background-color: transparent; font-style: normal; "><span id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_119">Andy</span></div><div id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_56"></div><div id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_58">&nbsp;</div><div id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_60"><font class="yiv3928726556Apple-style-span" color="#0000FF" face="garamond, 'new york', times, serif" size="7"><span class="yiv3928726556Apple-style-span" style="font-size:28px;line-height:19px;"><b><blockquote type="cite" style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-weight: normal;
 line-height: normal; font-size: 16px; " class="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_70"><div><div><div><span class="yiv3928726556Apple-style-span yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_71" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; font-size: 16px; "><span class="yiv3928726556Apple-style-span
 yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_72" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; font-size: 16px; "><div style="word-wrap:break-word;"><div><div><font class="yiv3928726556Apple-style-span" color="#341dbb" face="'Times New Roman'" size="4"><b>Dr. Anindito Sen (Ph.D)</b></font></div><div><font class="yiv3928726556Apple-style-span" color="#341dbb" face="'Times New Roman'" size="4"><b>Department of Cell Biology &amp; Anatomy</b></font></div><div><font class="yiv3928726556Apple-style-span" color="#341dbb" face="'Times New Roman'" size="4"><b>Graduate School of Medicine</b></font></div><div><font class="yiv3928726556Apple-style-span" color="#341dbb" face="'Times New Roman'" size="4"><b>University of
 Tokyo</b></font></div><div><font class="yiv3928726556Apple-style-span" color="#341dbb" face="'Times New Roman'" size="4"><b>Tel &amp; fax: +81-3-5841-3339</b></font></div></div></div></span></span></div></div></div></blockquote><div><div><div><div><span class="yiv3928726556Apple-style-span yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_79" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; font-size: 16px; "><span class="yiv3928726556Apple-style-span yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_80" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform:
 none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; font-size: 16px; "><div style="word-wrap:break-word;"><div><div><font class="yiv3928726556Apple-style-span" color="#341dbb" face="'Times New Roman'" size="4"><b><br></b></font></div></div></div></span></span></div></div></div></div></b></span></font></div><div><br id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_62"></div>  <div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 14pt; " id="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_65" class="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_64"> <div style="font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; " class="yiv3928726556yui_3_7_2_42_1373964979694_83"> <div dir="ltr"> <hr size="1">  <font size="2" face="Arial"> <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt;<br> <b><span style="font-weight:bold;">To:</span></b> "&lt;chimera-users@cgl.ucsf.edu&gt; List"
 &lt;chimera-users@cgl.ucsf.edu&gt; <br><b><span style="font-weight:bold;">Cc:</span></b> Anindito Sen &lt;emailanindito@yahoo.co.in&gt; <br> <b><span style="font-weight:bold;">Sent:</span></b> Saturday, 13 July 2013, 1:53<br> <b><span style="
font-weight:bold;">Subject:</span></b> Re: [Chimera-users] Fitting multiple atomic structures in a density map<br> </font> </div> <div class="yiv3928726556y_msg_container"><br>Whoops, second link was supposed to be:<br>&lt;<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/fitmap.html#sequence">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/fitmap.html#sequence</a>&gt;<br><br>On Jul 12, 2013, at 9:51 AM, Elaine Meng wrote:<br><br>&gt; Hi Andy,<br>&gt; You might try the sequential fitting option of the "fitmap" command.&nbsp; After it fits one structure, it removes the density from that part of the map before fitting the next.&nbsp; Details here including link to an example video:<br>&gt; <br>&gt; &lt;<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/fitmap.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/fitmap.html</a>&gt;<br>&gt; &lt;<a
 rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/fitmap.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/fitmap.html</a>&gt;<br>&gt; <br>&gt; I hope this helps,<br>&gt; Elaine<br>&gt; -----<br>&gt; Elaine C. Meng, Ph.D.&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <br>&gt; UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>&gt; Department of Pharmaceutical Chemistry<br>&gt; University of California, San Francisco<br>&gt; <br>&gt; On Jul 12, 2013, at 12:43 AM, Anindito Sen wrote:<br>&gt; <br>&gt;&gt; Dear All,<br>&gt;&gt; I need to fit atomic structures of two different proteins of different sizes in a density map. The location of both the proteins in the map is well known. While using the fitting tool, I can get the atomic structure of the bigger protein docked very well, the problem arises while fitting&nbsp; the smaller one. The fit option fails and docks
 the structure
 into the region of the density map where the atomic structure of the larger protein is docked , an incorrect position. <br>&gt;&gt; <br>&gt;&gt; How can I fit both the atomic structures in the density map correctly? The resolution of the density map is ~10&nbsp; at FSC cutoff of 0.5<br>&gt;&gt; Thanks<br>&gt;&gt; Andy<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Chimera-users mailing list<br>&gt; <a rel="nofollow" ymailto="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" target="_blank" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>&gt; <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br>&gt; <br><br><br></div> </div> </div>  </div></div></div></div></body></html>