<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Catalin,</div><div><br></div><div>&nbsp; The Chimera molmap command creates a density map for a molecule using a grid that has its 3 axes aligned with the x, y, and z axes of the molecular data (atom coordinates) with padding 3 times the requested map resolution. &nbsp;This is described in the molmap documentation</div><div><br></div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/molmap.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/molmap.html</a><div><br></div><div>The origin of the grid equals the x,y,z coordinates of the grid point at grid index 0,0,0. &nbsp;That origin position (floating point values) is saved in an MRC 2000 file in the xorigin, yorigin, zorigin header fields.&nbsp;</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html</div><div><br></div><div>It cannot be saved in the nxstart,nystart,nzstart header fields since those are integer values and can't accomodate the exact floating point origin. &nbsp;Here's the Chimera Python source code that reads MRC files if you want more details of how &nbsp;that is handled.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/browser/trunk/libs/VolumeData/mrc/mrc_format.py</div><div><br></div><div>&nbsp; Tom</div><div><br><div><br></div><div><br><div><div>On Jul 8, 2013, at 1:08 PM, Catalin Buiu wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><div style="background-color: rgb(255, 255, 255); font-family: 'times new roman', 'new york', times, serif; font-size: 12pt; "><div><font face="times new roman, new york, times, serif">Hello all,</font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif"><br></font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif">I have the following problem: when I use molmap to generate&nbsp;</font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif">a map from an atomic structure, the result is fine: both align.</font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif">When I use another (Matlab) program to generate the map, the two,</font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif">when opened in Chimera do not align anymore.</font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif">My question is how molmap generates an origin index such that</font></div><div><font face="times new
 roman, new york, times, serif">both the map and the structure do align and how Chimera reads (and converts)</font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif">the xyz origin data from the MRC file?</font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif"><br></font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif">Thank you.</font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif"><br></font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif">Catalin Buiu</font></div><div><font face="times new roman, new york, times, serif">University of Bucharest, Romania</font></div></div></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br>Chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></div></div></body></html>