
<html>

  <head>


    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    Dear All,<br>

    <br>

    As a preamble, it is quite possible that I completely misunderstood

    the way to use the Ensemble cluster tool.<br>

    <br>

    Here is the problem I face:<br>

    <br>

    I opened a PDB file containing 8 models. The models have the same

    number of atoms, the same numbering, the format is Model Endmdl,

    etc. <br>

    <br>

    I launched Ensemble cluster in order to identify clusters. From the

    image below, one can see visually 2 clusters. Chimera effectively

    identifies 2 clusters <u>but </u>the representatives of each (in

    red and blue-turquoise) belongs to the same cluster. I expected one

    representative in each of the two clusters.<br>

    <br>

    May you tell me what is wrong with my understanding?<br>

    <br>

    Many thanks for your help,<br>

    <br>

    Damien<br>

    <br>

    ps : Is there a way to cluster according to a previously chosen

    RMSD?<br>

    <br>

    <br>

    <img src="cid:part1.00070007.00090504@fourmentinguilbert.org" alt=""><br>

  </body>

</html>