<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix">Marek,<br>
      I had no problem opening the mol2 file, and displaying the atoms.
      I simply hid the ribbon structure, <br>
      displayed the atoms, and saved an image. There are some excellent
      tutorials on the chimera<br>
      website on visualization of structures which I'm sure will help
      you in the future. Chimera makes <br>
      more guesses on initial display than VMD or VegaZZ, and for
      protein structures this is very convenient.<br>
      &nbsp;I have attached an image generated with Chimera which you will
      see is nearly identical to yours. <br>
      <pre class="moz-signature" cols="72">R.J. Swett
Wayne State University
357 Chemistry
Detroit, MI 48201

Lab Phone 313-577-0552
Cell Phone 906-235-0768</pre>
      On 6/18/2013 9:55 AM, Marek Maly wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:op.wyvnndlylc8gdf@pocitadlon.ujep.cz"
      type="cite">Hello all,
      <br>
      <br>
      recently was sent to the Amber mailing list question about
      <br>
      how to proceed here with simulation of the piece of graphene.
      <br>
      <br>
      I was just curious about the molecular structure so I tried
      <br>
      to visualize attached PDB file in Chimera which was not able to
      <br>
      show correct structure so I visualized it using VMD and also Vega
      ZZ
      <br>
      in both cases without any problem. Then I used Vega ZZ to create
      MOL2
      <br>
      file and tried again to use Chimera for visualizing graphene saved
      now
      <br>
      in MOL2 format but again without success.
      <br>
      <br>
      So maybe there is still some space for improvement of Chimera
      visualizing
      <br>
      capability. Especially in case of MOL2 format I was surprised that
      Chimera
      <br>
      is not able to show correct molecular structure as in this case
      all the information
      <br>
      (including bonds/connectivity info) is included in the input file.
      <br>
      <br>
      All files are attached.
      <br>
      (my version of Chimera is: candidate version 1.8 (build 38694))
      <br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp; Best wishes,
      <br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Marek
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>