<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Francois,<div><br></div><div>&nbsp;Here are some thoughts about printing your ball and stick 2beg model. &nbsp;You could try displaying in ball and stick style, show hydrogen bonds (command "hb"), make the hydrogen bonds sticks instead of lines (menu Tools / General Controls / PseodoBond Panel, click hydrogen bonds line, press Select the Actions / Atoms / Stick), then export as STL (File / Export). &nbsp;Your printer may have a problem with this file because it produces lots of sphere and cylinder surfaces instead of a single closed surface. &nbsp;Our uPrint printer seems to fill no plastic between two surfaces that intersect (e.g. a sphere and a cylinder) an that makes the models fall apart. &nbsp;The STL file is pretty large for 2beg in ball and stick -- I got 115 Mbytes. &nbsp;Can probably reduce this by changing Chimera subdivision quality to a lower value (Tools / Viewing Controls / Effects) before saving the STL file. &nbsp;Another problem is this model has so much detail your printer may not have enough resolution unless it is printed very large (e.g. 20 centimeters long). &nbsp;Assuming you have a single color printer it might be hard to recognize the hydrogen bonds in the printed model, although they are longer than the covalent bonds. &nbsp;You could simplify the model by showing only the backbone (Actions / Atoms / Backbone / Full, also "display @H" to get amide hydrogens for hydrogen bonds) or just ribbon plus hydrogen bonds. &nbsp;Or you could show just 2 of the 5 parallel beta strands to simplify.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div><br><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>&nbsp;<img height="454" width="798" apple-width="yes" apple-height="yes" id="ce6f0f90-0097-4751-b882-839cfcea6a31" src="cid:86368992-470C-4722-86FA-D46CDBF8E7F6@cgl.ucsf.edu"><br><div><div><br></div><div><br></div><div>On Jun 17, 2013, at 6:36 AM, Francois Richard &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi everyone,<br><br>I am trying to print a molecule from its PDB file (ID : 2BEG) using chimera and a 3D printer.<br><br>I would like to print the ball and stick representation of the molecule, including the hydrogen bond.<br><br>So far, (using this link : <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/Outreach/technotes/ModelGallery/index.html">http://www.cgl.ucsf.edu/Outreach/technotes/ModelGallery/index.html</a>) I played with molmap and volume commands and managed to print a volume but it does not include hydrogen bond.<br><br>Do you have any idea how to improve the output?<br><br>Thanks a lot,<br><br>Francois<br>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br><br></blockquote></div><br></div></div></body></html>