<div dir="ltr">Thank you <span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Elaine,</span><div style><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">your links work perfectly!</span></div><div style><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br>
</span></div><div style><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">Francesco</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/6/10 Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Jun 10, 2013, at 11:23 AM, francesco oteri &lt;<a href="mailto:francesco.oteri@gmail.com">francesco.oteri@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Good morning to everybody,<br>
&gt; someone of you knows whether exist a program that creates schematic representation<br>
&gt; of a protein like the one in plot b and d of the figure:<br>
&gt; <a href="http://www.nature.com/nature/journal/v427/n6972/fig_tab/nature02165_F3.html" target="_blank">http://www.nature.com/nature/journal/v427/n6972/fig_tab/nature02165_F3.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Greetings,<br>
&gt; Francesco<br>
<br>
</div></div>Hi Francesco,<br>
The short answer is that Chimera does not have this feature: generation of protein topology diagrams.<br>
<br>
However, about a year ago I spent some time looking into the available software for exactly this problem, so I will take the liberty of sharing my conclusions here even though Chimera is not involved.  Caveats are that I could have missed something, and my findings are a year old:<br>

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PDBsum &quot;protein&quot; pages show topology per domain, and these images can be downloaded.  Example:<br>
<a href="http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=2gbp&amp;template=protein.html&amp;r=wiring&amp;l=1&amp;chain=A" target="_blank">http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=2gbp&amp;template=protein.html&amp;r=wiring&amp;l=1&amp;chain=A</a><br>

There is also a webserver for generating PDBsum-like analyses for structures that are not already in PDB, which would presumably include the diagram generation.  Not useful for high-throughput, of course...<br>
<a href="http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/Generate.html" target="_blank">http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/Generate.html</a><br>
( found via this post <a href="http://www.mail-archive.com/ccp4bb@jiscmail.ac.uk/msg26321.html" target="_blank">http://www.mail-archive.com/ccp4bb@jiscmail.ac.uk/msg26321.html</a> )<br>
<br>
I found TopDraw, which is a really a sketchpad, so you still have to do a lot yourself.<br>
<a href="http://www.ccp4.ac.uk/html/topdraw.html" target="_blank">http://www.ccp4.ac.uk/html/topdraw.html</a><br>
<br>
There is a server for a more recent program, pro-origami, but at least in my few tests the results were bad.<br>
<a href="http://munk.csse.unimelb.edu.au/pro-origami/" target="_blank">http://munk.csse.unimelb.edu.au/pro-origami/</a><br>
<br>
Another program TOPS isn&#39;t quite what we want (triangles and circles, not strands and cylinders), plus the website seems to be gone now  anyway.<br>
<br>
There is a whole additional category of programs that draw &quot;bead necklace&quot; diagrams, often in relationship to a membrane, also not what we want.  (for example, RbDe,  TOPO2, ...)<br>
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One would think there should be completely automated software to do this, but the problem of layout is actually quite difficult.  My guess is that lots of people just use general diagramming software like Illustrator or Omnigraffle.<br>

<br>
I hope this is at least informative, if not as useful as we would like...<br>
Elaine<br>
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Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Cordiali saluti, Dr.Oteri Francesco
</div>