<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Hi,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">
I am working on the modeling of one ligand in a native and mutant receptor. The ligand occupies different positions in the binding cavity, and I am interested in estimate this difference. However, if RMSD is calculated via MatchMaker, the ligand in mutant receptor (non-reference) is moved from its original position to try to minimize the deviation compared to ligand in native receptor (reference). How can I calculate the difference in the ligand position between the two receptors, in an appropriate manner?</div>
<div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Best regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">
<br></div><div><div dir="ltr"><div><div><font face="verdana, sans-serif"><b><br></b></font></div><div><font face="verdana, sans-serif"><b>Andrés Felipe Vásquez J., MSc.</b><br>Grupo de Fisiología Molecular<br>Instituto Nacional de Salud<br>
Avenida calle 26 No. 51-20 - Zona 6 CAN<br>Bogotá, D.C., Colombia<span style="font-size:small"> </span></font><br></div></div></div></div>
</div>