<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix">You might want to try saving the two
      domains as separate PDB's if there are export issues with hidden
      domains. If you hide a domain and then go to save pdb and select
      "save displayed only"&nbsp; you'll be able to save each domain in it's
      own file. As far as file formats go, have you tried VRML? I know
      that's pretty universal for 3D printers and might help with
      studying the structure as you'd be able to color the atoms by
      their atom types. Is your 3D printer capable of color? Another
      thing you might want to try is displaying the protein backbone as
      ribbon and the sidechain as&nbsp; wire and setting the wire thickness
      to a higher number. That might give you the internal detail you
      want without saving the data for every single atom. Also,
      displaying as Ball and Stick might work too. Those controls are in
      the Actions &gt; Atoms/bonds menu. Also, are you wanting to
      include the solvent or are you deleting it?
      <pre class="moz-signature" cols="72">R.J. Swett
Wayne State University
357 Chemistry
Detroit, MI 48201

Lab Phone 313-577-0552
Cell Phone 906-235-0768</pre>
      On 5/19/2013 9:23 PM, Bart Janssen wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:2246C0B863E3E44EBBA67765F10C44850131E84C29@aklexm02"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered
        medium)">
      <style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0mm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal">Hi<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">My apologies for what are likely to be
          stupid questions. We are plant developmental biologists and we
          just obtained our first X-ray crystal structure for a new
          hormone receptor in plants. We&#8217;d really like to make a 3D
          model of the protein using one of the 3D printers at our
          institute.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I&#8217;ve been trying to use and understand
          Chimera for the last week and I&#8217;m a bit out of my depth :). I
          can import our protein 4DNP.pdb and display it using solid
          surface or using the sphere representations of atoms. I can
          also display it with the &#8220;lid&#8221; domain hidden and vice versa.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">My problem has been getting files that our
          3D printer can read. The solid surface model of the whole
          protein can be exported as a scene in .stl format and that can
          be printed just fine. Although I can&#8217;t figure out how to
          adjust resolution or the smoothness of the exported file. <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">But I&#8217;d really like to print the two
          domains of the protein separately. If I use Solid surface
          model with the lid hidden what I get is an eggshell like model
          which has no internal detail. If I use atoms shown as spheres
          instead I get the internal detail I want BUT when I try and
          export the scene I get a 2 Gb+ file that is unreadable by the
          printer. If I export .obj format instead the colleague who
          runs the printer says the file won&#8217;t load and appears to have
          errors.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I have a horrible feeling I am going about
          this entirely the wrong way but I can&#8217;t find a tutorial that
          describes what I&#8217;m trying to achieve. I do realise chimera is
          not really written for the somewhat trivial use that I am
          attempting but it really would be helpful if we had a physical
          model of the protein to look at.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Is there a tutorial I should follow or
          another part of Chimera (or another program) that I should be
          using instead? Any advice would be much appreciated.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Cheers<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Bart<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Bart Janssen<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Scientist<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Plant Development team<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Breeding and genomics<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Plant and Food Research<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Private Bag 92169<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Auckland 1142<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">New Zealand<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Ph +64 09 9257179<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:bart.janssen@plantandfood.co.nz">bart.janssen@plantandfood.co.nz</a><o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
      </div>
      <table>
        <tbody>
          <tr>
            <td bgcolor="#ffffff"><font color="#000000">
                <pre>The contents of this e-mail are confidential and may be subject to legal privilege.
 If you are not the intended recipient you must not use, disseminate, distribute or
 reproduce all or any part of this e-mail or attachments.  If you have received this
 e-mail in error, please notify the sender and delete all material pertaining to this
 e-mail.  Any opinion or views expressed in this e-mail are those of the individual
 sender and may not represent those of The New Zealand Institute for Plant and
 Food Research Limited.</pre>
              </font></td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>