<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
--><!--
P {margin-top:0;margin-bottom:0;}--></style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi all,<br>
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<div>
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt;">
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<div>
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt;">
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<div>
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt;">
<br>
I am having a problem trying to show salt bridges between selected atoms in a movie of my pdb format trajectory. I am using the following commands in the Per-Frame script, to display H-bonds between the residues but with a less strong distance criterion (to
 bring the distance of interaction to 6 A) and angle criterion (to make the angle 0deg and so make all angles available):<br>
<br>
select :1,6,7,10,16,18<br>
findhbond&nbsp; selRestrict :1@HZ1,HZ2,HZ3 :6@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 :7@O3P,O2P,O1P :10@HZ1,HZ2,HZ3 :16@HZ1,HZ2,HZ3 :18@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 linewidth 2 reveal true relax true distSlop 2.97 angleSlop 145<br>
<br>
When I apply this script I get a Chimera error saying:<br>
<br>
<font face="Calibri" size="3"><span style="font-size: 12pt;"><span dir="ltr">Error while sourcing select :1,6,7,10,16,18<br>
findhbond&nbsp; selRestrict :1@HZ1,HZ2,HZ3 :6@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 :7@O3P,O2P,O1P :10@HZ1,HZ2,HZ3 :16@HZ1,HZ2,HZ3 :18@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 linewidth 2 reveal true relax true distSlop 2.97 angleSlop 145<br>
,line 1:<br>
&quot;</span></span></font><font face="Calibri" size="3"><span style="font-size: 12pt;"><span dir="ltr">findhbond&nbsp; selRestrict :1@HZ1,HZ2,HZ3 :6@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 :7@O3P,O2P,O1P :10@HZ1,HZ2,HZ3 :16@HZ1,HZ2,HZ3 :18@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 linewidth 2 reveal true
 relax true distSlop 2.97 angleSlop 145&quot;<br>
Non-alphanumeric character in keyword <br>
'</span></span></font><font face="Calibri" size="3"><span style="font-size: 12pt;"><span dir="ltr">:6@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1'</span></span></font><br>
<br>
I have tried tweaking it different ways but just get other error messages, I can't seem to write it in the correct format. Can anyone see a problem with this script and how I might fix it?<br>
<br>
Cheers<br>
Albie<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>