
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css"><!--P {margin-top:0;margin-bottom:0;}--></style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi all,<br>

<br>

I am having a problem trying to show salt bridges between selected atoms in a movie of my pdb format trajectory. I am using the following commands in the Per-Frame script, to display H-bonds between the residues but with a less strong distance criterion (to

 bring the distance of interaction to 6 A) and angle criterion (to make the angle 0deg and so make all angles available):<br>

<br>

select :1,6,7,10,16,18<br>

findhbond  selRestrict :1@HZ1,HZ2,HZ3 :6@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 :7@O3P,O2P,O1P :10@HZ1,HZ2,HZ3 :16@HZ1,HZ2,HZ3 :18@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 linewidth 2 reveal true relax true distSlop 2.97 angleSlop 145<br>

<br>

When I apply this script I get a Chimera error saying:<br>

<br>

<font face="Calibri" size="3"><span style="font-size:12pt"><span dir="ltr">Error while sourcing select :1,6,7,10,16,18<br>

findhbond  selRestrict :1@HZ1,HZ2,HZ3 :6@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 :7@O3P,O2P,O1P :10@HZ1,HZ2,HZ3 :16@HZ1,HZ2,HZ3 :18@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 linewidth 2 reveal true relax true distSlop 2.97 angleSlop 145<br>

,line 1:<br>

"</span></span></font><font face="Calibri" size="3"><span style="font-size:12pt"><span dir="ltr">findhbond  selRestrict :1@HZ1,HZ2,HZ3 :6@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 :7@O3P,O2P,O1P :10@HZ1,HZ2,HZ3 :16@HZ1,HZ2,HZ3 :18@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1 linewidth 2 reveal true

 relax true distSlop 2.97 angleSlop 145"<br>

Non-alphanumeric character in keyword <br>

'</span></span></font><font face="Calibri" size="3"><span style="font-size:12pt"><span dir="ltr">:6@2HH2,2HH1,HE,2HH1,1HH1'</span></span></font><br>

<br>

I have tried tweaking it different ways but just get other error messages, I can't seem to write it in the correct format. Can anyone see a problem with this script and how I might fix it?<br>

<br>

Cheers<br>

Albie</div>

</body>

</html>