<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"><base href="x-msg://4/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Gongpu,<div><br></div><div>&nbsp; The easiest way to do this is use the "fillOverlap true" option to the Chimera mask command.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/mask.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/mask.html</a></div><div><br></div><div>"fillOverlap&nbsp;true |&nbsp;false&nbsp;<br>When multiple surface pieces are specified, retain the union of the values from masking to each piece separately.&nbsp;For example, if two surface pieces are concentric spheres,&nbsp;fillOverlap&nbsp;true will return values for all grid points&nbsp;within the larger sphere, whereas&nbsp;fillOverlap&nbsp;false will return values for only those points in the shell between the&nbsp;two surfaces."</div><div><br></div><div>This sounds like exactly what you want but there is a catch. &nbsp;Your two layers of the contour surface are not separate Chimera "surface pieces" because a contour surface produces just one "piece". &nbsp;To split the surface into connected separate pieces you can select the surface (ctrl-click) and use the keyboard shortcut "Sc" (stands for split connected). &nbsp;You can run that keyboard shortcut without enabling Chimera keyboard shortcuts using the equivalent command "ac Sc". &nbsp;In the Chimera 1.8 release candidate or Chimera daily build you can use the less cryptic command "sop split #3" (if your surface is model #3). &nbsp;If your inner and outer shells are actually connected by some tube that runs between them then a trickier procedure would be needed.</div><div><br></div><div>Once you've done this splitting into connected pieces business you actually don't need the fillOverlap option to the mask command. &nbsp;Instead you just select the outer surface piece (ctrl click it) and use "mask #1 sel". &nbsp;In this command "sel" stands for whatever is currently selected.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div><br><br><div><div>On May 11, 2013, at 8:45 PM, gongpu zhao &lt;<a href="mailto:goz1@pitt.edu">goz1@pitt.edu</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; "><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Hi All,<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">I&nbsp; have a question about volume contour surface in chimera. I have a density volume of a shell shape. I plan to use the outer contour surface of the volume to mask out all density encased by the outer surface in a tomogram. But instead, I could only mask out the density within the shell. I am wondering if I can make a surface model only using the outer surface.<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Thanks a lot.<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Gongpu<o:p></o:p></div></div>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; ">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users" style="color: purple; text-decoration: underline; ">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br></div></blockquote></div><br></div></body></html>