<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>How to make a suitable homology model for docking and what force fields to use are not questions specific to Chimera, they are questions about how to do good quality science, and they depend a great deal on the details of your system. So you aren't likely to get the answers you want on this list.</div><div><br></div><div>I'm not at all an expert on docking or homology modeling. &nbsp;Docking to a homology model may be a fruitless effort no matter how you do it. &nbsp;That said, energy minimization will just get your homology model to a nearby local minimum, while MD could make larger changes. &nbsp;Both might be worse than the unmodified homology model if it is based on a very similar structure to your target.</div><div><br></div><div>I don't know what force field is good for NAD+ bound to a protein.&nbsp;</div><div><br></div><div>If you want only conjugate gradient steps and no steepest descent steps then set steepest descent steps to 0. &nbsp;But the steepest descent steps are much faster and could help you get to a minimum faster than with conjugate gradient alone. &nbsp;How many steps are needed depends on your system. &nbsp;By trying different numbers and seeing how much change is made you could find out how many are needed.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>Tom</div><div><br></div><div><br></div><br><div><div>On May 11, 2013, at 6:50 PM, aixintiankong wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="line-height: 1.7; font-size: 14px; font-family: arial; "><label>&nbsp; Dear,</label><div>&nbsp; &nbsp;i am a newer use the chimea, i have some question to consult to you, please help me.<br><div><label>&nbsp; Frist, after Homology modeling using the chimera modeller, should i optimizate the modle by&nbsp;energy optimization or&nbsp;Molecular dynamic simulations? The next step i will use the model to make docking.</label><div><label>&nbsp; Second, i want to use chimera to minimize the structrue of my modle. &nbsp; i select Tools&gt;Structure Editing&gt;Minimize Structure to perform my work, but my modle include protein and a organic molecule NAD+, so i don't know how to select the force fileds for the minimiztion of the modle. please help me.</label></div><div><label>&nbsp; Third, if i olny want to use the conjugate gradient to perform the minimiztion, should i only need to set the steepest descent steps to 0? &nbsp;in general, how many conjugate gradient s!
 teps and size should be ?</label></div><div><label>&nbsp; Thank you very much!</label></div><div><label>&nbsp; &nbsp; &nbsp;</label></div><div><label>&nbsp;&nbsp;</label></div></div></div></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>_______________________________________________<br>Chimera-users mailing list<br><a href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users<br></blockquote></div><br></body></html>