<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial"><label>  Dear,</label><div>   i am a newer use the chimea, i have some question to consult to you, please help me.<br><div><label>  Frist, after Homology modeling using the chimera modeller, should i optimizate the modle by energy optimization or Molecular dynamic simulations? The next step i will use the model to make docking.</label><div><label>  Second, i want to use chimera to minimize the structrue of my modle.   i select Tools>Structure Editing>Minimize Structure to perform my work, but my modle include protein and a organic molecule NAD+, so i don't know how to select the force fileds for the minimiztion of the modle. please help me.</label></div><div><label>  Third, if i olny want to use the conjugate gradient to perform the minimiztion, should i only need to set the steepest descent steps to 0?  in general, how many conjugate gradient s!
 teps and size should be ?</label></div><div><label>  Thank you very much!</label></div><div><label>     </label></div><div><label>  </label></div></div></div></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>