<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial"><label>&nbsp; Dear,</label><div>&nbsp; &nbsp;i am a newer use the chimea, i have some question to consult to you, please help me.<br><div><label>&nbsp; Frist, after Homology modeling using the chimera modeller, should i optimizate the modle by&nbsp;energy optimization or&nbsp;Molecular dynamic simulations? The next step i will use the model to make docking.</label><div><label>&nbsp; Second, i want to use chimera to minimize the structrue of my modle. &nbsp; i select Tools&gt;Structure Editing&gt;Minimize Structure to perform my work, but my modle include protein and a organic molecule NAD+, so i don't know how to select the force fileds for the minimiztion of the modle. please help me.</label></div><div><label>&nbsp; Third, if i olny want to use the conjugate gradient to perform the minimiztion, should i only need to set the steepest descent steps to 0? &nbsp;in general, how many conjugate gradient s!
 teps and size should be ?</label></div><div><label>&nbsp; Thank you very much!</label></div><div><label>&nbsp; &nbsp; &nbsp;</label></div><div><label>&nbsp;&nbsp;</label></div></div></div></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>