<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Here's a previous message about displaying data axes in a somewhat cumbersome way using VRML.<div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2011-April/006282.html">http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2011-April/006282.html</a></div><div><br></div><div>&nbsp; Tom</div><div><br><div><br></div><div><br><div><div>On May 8, 2013, at 9:50 AM, Tom Goddard &lt;<a href="mailto:goddard@sonic.net">goddard@sonic.net</a>&gt; wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Thomas,<div><br></div><div>&nbsp; There is no session saving option that copies density map files to the same directory as the session file. &nbsp;All other Chimera models including PDB files are included &nbsp;(not linkied) in the session file. &nbsp;The reason maps are not put into the session file is because they are sometimes very large, Gbytes in size. &nbsp;Some day I intend to add an option to include the maps in the session file so you can have a self-contained session if you want. Copying the files could be another approach but it has problems. &nbsp;What if there is already a map with the same file name in the current directory? &nbsp;Could modify the copied file name I guess. &nbsp;Maybe better put all the map files in a new subdirectory. &nbsp;But are you really going to make copies of all the map files on every session save? &nbsp;If you only do it sometimes it doesn't solve the problem of moving data to a new computer. &nbsp;It will be slow to copy the files and it makes many redundant copies which then can become confusing as to whether two files with the same name really are identical. &nbsp;Hard links could be used to avoid copying the file, but that won't work when a session is on one file system and data on another. &nbsp;I think the way to handle moving data files to a new computer is to keep all your data including sessions under one directory tree so the whole thing can be easily copied. &nbsp;If instead the goal is to occassionally make a self-contained session then copying the map files and session file to a new directory would be a nice option similar to embedding all files in the session. &nbsp;I've noted this in the feature request for embedding the map files.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/9763">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/9763</a></div><div><br></div><div>&nbsp; The sphere/axes display idea is one way to see the axes of a displayed model. &nbsp;The transparent sphere would cause problems in Chimera some of the time because Chimera can only correctly display one transparent model at a time. &nbsp;The current default is to show a single transparent layer, so any transparent model inside the sphere would disappear. &nbsp;This is a longstanding and hard problem to fix. &nbsp;But a mesh could work. &nbsp;Another idea is simply to depict the x,y,z axes. &nbsp;I've made a feature request for this.</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/12062">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/12062</a></div><div><br></div><div>&nbsp; Tom</div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><div>On May 8, 2013, at 12:25 AM, "Marlovits,Thomas" &nbsp;wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
Hi Tom,
<div><br>
</div>
<div>I do have a question related to saving sessions, which is a great option btw.</div>
<div>Is there a way that one can save the session - let's say in a new folder but then have all models also saved in there. &nbsp;For now, as I understand, it will only save the path/filename of those models. &nbsp;So, whenever we switch computers, hard-drives etc 
 this can turn out to be a lengthy process to find those models (we often have many models open at the same time).</div>
<div>Ideally, also fetched files from the pdb would be great to be saved locally in this new folder.</div>
<div><br>
</div>
<div>The second question I have is related to turning molecules around specific x/y/z angles.</div>
<div>I'd love to have an option to display a big sphere that encapsulated the other models displayed. &nbsp;Ideally, this sphere would look like a globe with cordinates in there  if this is displayed at semi-transparency, one can easily go to a specific position
 but get more of an idea to easier naviagte through the 3D space. &nbsp;Sometimes I only would like to get a rough estimate about the angles to turn molecules. &nbsp;Alternatively a mesh-like grid could do the same job (and if one could display the numbers of the lattidude/longitude
 or so that would be great too).</div>
<div><br>
</div>
<div>Many tx,</div>
<div>-T.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div>
<div style="font-size: 10px; ">-------------------------------------------------------------------------------</div>
<div style="font-size: 10px; "><br class="khtml-block-placeholder">
</div>
<div style="font-size: 10px; ">Thomas C. Marlovits, PhD, M.A.S.<br>
The MarlovitsLab @ IMP/IMBA<br>
<a href="http://thomas.marlovits.myresearchlab.org/">http://thomas.marlovits.myresearchlab.org</a><br>
<br>
Contact/Address/Directions:<br>
<a href="http://thomas.marlovits.myresearchlab.org/lab/Contact.html">http://thomas.marlovits.myresearchlab.org/lab/Contact.html</a></div>
</div>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></div></body></html>