<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Tom,<br>
      <br>
      on this regard I think it would be nice to have an separate
      option, when saving a session, to create a self-contained session,
      which would generate a directory containing the session file plus
      all the data attached to that session. In this way you can take
      that directory and move it elsewhere, send it to a collaborator,
      etc., knowing that you can open it without scrambling for the
      original data (even after years, given the great backward
      compatibility of chimera). That would be also useful for archiving
      purposes (often a session corresponds to a figure in a paper).
      Personally I would prefer the maps out of the session files, even
      if it's true that you can open the session and save the file
      separately (although it's a two-step process).<br>
      Just my rambling thoughts.<br>
      <br>
      Giovanni<br>
      <br>
      &nbsp; <br>
      On 05/08/2013 09:50 AM, Tom Goddard wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:CD362E95-1679-4114-B14B-884935AEA589@sonic.net"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      Hi Thomas,
      <div><br>
      </div>
      <div>&nbsp; There is no session saving option that copies density map
        files to the same directory as the session file. &nbsp;All other
        Chimera models including PDB files are included &nbsp;(not linkied)
        in the session file. &nbsp;The reason maps are not put into the
        session file is because they are sometimes very large, Gbytes in
        size. &nbsp;Some day I intend to add an option to include the maps in
        the session file so you can have a self-contained session if you
        want. Copying the files could be another approach but it has
        problems. &nbsp;What if there is already a map with the same file
        name in the current directory? &nbsp;Could modify the copied file
        name I guess. &nbsp;Maybe better put all the map files in a new
        subdirectory. &nbsp;But are you really going to make copies of all
        the map files on every session save? &nbsp;If you only do it
        sometimes it doesn't solve the problem of moving data to a new
        computer. &nbsp;It will be slow to copy the files and it makes many
        redundant copies which then can become confusing as to whether
        two files with the same name really are identical. &nbsp;Hard links
        could be used to avoid copying the file, but that won't work
        when a session is on one file system and data on another. &nbsp;I
        think the way to handle moving data files to a new computer is
        to keep all your data including sessions under one directory
        tree so the whole thing can be easily copied. &nbsp;If instead the
        goal is to occassionally make a self-contained session then
        copying the map files and session file to a new directory would
        be a nice option similar to embedding all files in the session.
        &nbsp;I've noted this in the feature request for embedding the map
        files.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span><a
          moz-do-not-send="true"
          href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/9763">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/9763</a></div>
      <div><br>
      </div>
      <div>&nbsp; The sphere/axes display idea is one way to see the axes of
        a displayed model. &nbsp;The transparent sphere would cause problems
        in Chimera some of the time because Chimera can only correctly
        display one transparent model at a time. &nbsp;The current default is
        to show a single transparent layer, so any transparent model
        inside the sphere would disappear. &nbsp;This is a longstanding and
        hard problem to fix. &nbsp;But a mesh could work. &nbsp;Another idea is
        simply to depict the x,y,z axes. &nbsp;I've made a feature request
        for this.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span><a
          moz-do-not-send="true"
          href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/12062">http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/12062</a></div>
      <div><br>
      </div>
      <div>&nbsp; Tom</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
        <div>
          <div>On May 8, 2013, at 12:25 AM, "Marlovits,Thomas" &nbsp;wrote:</div>
          <br class="Apple-interchange-newline">
          <blockquote type="cite">
            <div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space;
              -webkit-line-break: after-white-space; ">
              Hi Tom,
              <div><br>
              </div>
              <div>I do have a question related to saving sessions,
                which is a great option btw.</div>
              <div>Is there a way that one can save the session - let's
                say in a new folder but then have all models also saved
                in there. &nbsp;For now, as I understand, it will only save
                the path/filename of those models. &nbsp;So, whenever we
                switch computers, hard-drives etc &#8230; this can turn out to
                be a lengthy process to find those models (we often have
                many models open at the same time).</div>
              <div>Ideally, also fetched files from the pdb would be
                great to be saved locally in this new folder.</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>The second question I have is related to turning
                molecules around specific x/y/z angles.</div>
              <div>I'd love to have an option to display a big sphere
                that encapsulated the other models displayed. &nbsp;Ideally,
                this sphere would look like a globe with cordinates in
                there &#8230; if this is displayed at semi-transparency, one
                can easily go to a specific position but get more of an
                idea to easier naviagte through the 3D space. &nbsp;Sometimes
                I only would like to get a rough estimate about the
                angles to turn molecules. &nbsp;Alternatively a mesh-like
                grid could do the same job (and if one could display the
                numbers of the lattidude/longitude or so that would be
                great too).</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>Many tx,</div>
              <div>-T.</div>
              <div><br>
              </div>
              <div><br>
                <div>
                  <div>
                    <div style="font-size: 10px; ">-------------------------------------------------------------------------------</div>
                    <div style="font-size: 10px; "><br
                        class="khtml-block-placeholder">
                    </div>
                    <div style="font-size: 10px; ">Thomas C. Marlovits,
                      PhD, M.A.S.<br>
                      The MarlovitsLab @ IMP/IMBA<br>
                      <a moz-do-not-send="true"
                        href="http://thomas.marlovits.myresearchlab.org/">http://thomas.marlovits.myresearchlab.org</a><br>
                      <br>
                      Contact/Address/Directions:<br>
                      <a moz-do-not-send="true"
                        href="http://thomas.marlovits.myresearchlab.org/lab/Contact.html">http://thomas.marlovits.myresearchlab.org/lab/Contact.html</a></div>
                  </div>
                </div>
                <br>
              </div>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>