Hello:<br><br><br>I was unable to put to work<br><br>define centroid radius 0.5 color red :ligand_residue_name<br><br>or<br><br>define centroid radius 0.5 color red #0&amp;@serialNumber=1972<br><br><br><br>with a homodimeric protein (I am at CHARMM NAMD/XPLOR, so that the two subunits are only 
distinguished by either the atom sequential number or the segment name, 
the latter not being understood by chimera, as far as I know). In the first case, running the movie after the appropriate further steps, the centroid sequence obtained was for the centroid between the two protein ligands, as it  was expected.<br>
<br>In the second case (as I wanted to refer to the ligand in subunit A only), the command raised the error:<br>AttributeError: &#39;NoneType&#39; object has no attribute &#39;openState&#39;<br><br>  File &quot;/opt/UCSF/Chimera64-1.7/share/StructMeasure/Geometry.py&quot;, line 293, in _getRefInfo<br>
    invXForm = lowest.openState.xform<br><br>Please notice that the line command<br><br>#0&amp;@serialNumber=1972<br><br>correctly selects the ligand on subunit A (a diatomic ligand, where &quot;1972&quot; is the sequential number of one of the two atoms of the ligand. Here &quot;#0&quot; may be redundant, as it deals of a single model. However, using &quot;@serialNumber=1972&quot; raised the same error.<br>
<br><br><br>I fear I am missing some obvious facet of define centroid, so that I thank you for your patience.<br><br>francesco pietra<br><br><br><br>