<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Elaine,<br></div>Could I obtain euler angles after I rotate a single map to some special orientation or save it as a MRC file (not in the situation of fitting one map to another)?<br></div>
Thanks!<br></div>Jim<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 19, 2013 at 4:14 PM, Elaine Meng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Jim,<br>
Simply saving a map to a file after fitting will not save its new orientation, because the map file formats  do not include rotation/translation information. However, you can create a new map on the grid of another map by resampling.  For details, please see this section on &quot;saving after fitting&quot;:<br>

<br>
&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html#afterfitting" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/savemodel.html#afterfitting</a>&gt;<br>
<br>
There is a &quot;Transform Coordinates&quot; tool (in menu under Tools... Movement) with which you can apply Euler angles if you already knew them, but the information above is probably more relevant to your situation.<br>

I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Apr 19, 2013, at 12:21 PM, Jingchuan Sun wrote:<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Hi,<br>
&gt; After I rotate a volume to a specific orientation, and &quot;save map as&quot; in &quot;volume viewer&quot;, the saved volume are still in the original orientation. Could I save it in the new orientation.<br>
&gt;<br>
&gt; If I could display the current euler angles, I can rotate it in other software. But how could I display euler angle after rotation?<br>
&gt; Thanks!<br>
&gt; Jim<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>