<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix">Hello Fred,<br>
      <br>
      In some cases, it is possible to do what you want, but in general
      it is not possible because Chimera has its own versions of system
      libraries that it needs to work correctly -- so it depends on how
      different Chimera's version of the libraries are from the system
      ones, and that changes from release to release of Chimera and
      which system Chimera is installed on.<br>
      <br>
      So you are much better off using 'chimera --nogui --silent
      --script ...',&nbsp; or starting up chimera and opening the .py file.<br>
      <br>
      In the Chimera Programmer's FAQ, <a
href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ProgrammersGuide/faq.html#q3">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ProgrammersGuide/faq.html</a>
      there is a section on how to pass arguments to scripts that shows
      how to encapsulate 'chimera --nogui --silent --script' in a
      Linux/Mac OS X shell script.&nbsp; &nbsp; I will add a section to the
      Programmer's FAQ about how to install other Python packages into
      chimera.<br>
      <br>
      And if you still would still like the gory details, look at the
      chimera startup script and how it manipulates environment
      variables.&nbsp; There is some additional (some redundant) environment
      manipulation in CHIMERA/share/__main__.py, and then, unlike
      __main__.py, you would call chimeraInit.init([], eventloop=False)
      before invoking any chimera packages.<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; HTH,<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; Greg<br>
      <br>
      On 04/17/2013 04:08 PM, frederick lee wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:516F2B52.7000502@gmail.com" type="cite">
      <pre wrap="">hello chimera experts,
as far as i know, python scripting for chimera is done within
the context of chimera like

chimera --nogui myscript.py parameters ...

is it possible to run myscript.py without the need of the
chimera executable and use import statements of some sort to
access the chimera module(s) like

python myscript.py parameters
best regards,
fred

</pre>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>