<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    <div class="moz-cite-prefix">Hello Fred,<br>

      <br>

      In some cases, it is possible to do what you want, but in general

      it is not possible because Chimera has its own versions of system

      libraries that it needs to work correctly -- so it depends on how

      different Chimera's version of the libraries are from the system

      ones, and that changes from release to release of Chimera and

      which system Chimera is installed on.<br>

      <br>

      So you are much better off using 'chimera --nogui --silent

      --script ...',  or starting up chimera and opening the .py file.<br>

      <br>

      In the Chimera Programmer's FAQ, <a

href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ProgrammersGuide/faq.html#q3">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ProgrammersGuide/faq.html</a>

      there is a section on how to pass arguments to scripts that shows

      how to encapsulate 'chimera --nogui --silent --script' in a

      Linux/Mac OS X shell script.    I will add a section to the

      Programmer's FAQ about how to install other Python packages into

      chimera.<br>

      <br>

      And if you still would still like the gory details, look at the

      chimera startup script and how it manipulates environment

      variables.  There is some additional (some redundant) environment

      manipulation in CHIMERA/share/__main__.py, and then, unlike

      __main__.py, you would call chimeraInit.init([], eventloop=False)

      before invoking any chimera packages.<br>

      <br>

          HTH,<br>

      <br>

          Greg<br>

      <br>

      On 04/17/2013 04:08 PM, frederick lee wrote:<br>

    </div>

    <blockquote cite="mid:516F2B52.7000502@gmail.com" type="cite">

      <pre wrap="">hello chimera experts,

as far as i know, python scripting for chimera is done within

the context of chimera like

chimera --nogui myscript.py parameters ...

is it possible to run myscript.py without the need of the

chimera executable and use import statements of some sort to

access the chimera module(s) like

python myscript.py parameters

best regards,

fred

</pre>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>