<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><span style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; line-height: 15.59375px; background-color: rgb(255, 255, 255);">Sir when I download a ligand from PDB site it contains may ligand molecules ..and kindly tell me how to get a single ligand????</span><br><br>--- On <b>Thu, 4/11/13, Elaine Meng <i>&lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt;<br>Subject: Re: [Chimera-users] Docking<br>To: "Muhammad ALi" &lt;muh.ali741@yahoo.com&gt;<br>Cc: "chimera-users@cgl.ucsf.edu Mailing List" &lt;chimera-users@cgl.ucsf.edu&gt;<br>Date: Thursday, April 11, 2013, 4:24 PM<br><br><div class="plainMail">Hello,<br>The Chimera "AutoDock Vina" dialog has a choice: Executable location "Opal web service" or "Local."&nbsp; To use
 Local, you would first need to download and install the AutoDock Vina program on your own computer, and then put the location of that executable in the Chimera dialog.<br>&lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/vina/vina.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/vina/vina.html</a>&gt;<br><br>AutoDock Vina is from a different group (it is not developed by the Chimera team).&nbsp; You would have to go to the AutoDock Vina website to download the program, and to find more information about how that program works. <br><br>AutoDock Vina website:<br>&lt;<a href="http://vina.scripps.edu/" target="_blank">http://vina.scripps.edu/</a>&gt;<br><br>AutoDock Vina paper:<br>AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. Trott O, Olson AJ. J Comput Chem. 2010 Jan 30;31(2):455-61.<br>&lt;<a
 href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19499576" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19499576</a>&gt;<br><br>I hope this helps,<br>Elaine<br>----------<br>Elaine C. Meng, Ph.D. <br>UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>Department of Pharmaceutical Chemistry<br>University of California, San Francisco<br><br>On Apr 11, 2013, at 6:51 AM, Muhammad ALi wrote:<br><br>&gt; Sir I am doing docking with autodock vina in Chimera.. but sir i successfully did it, but with Opal server, and found the required binding sites of ligand binding and checked theier bonds,, but kindly sir tell me&nbsp; how can i do it without using opal server.. which file will be required???? and how it is estimated that which binding between ligand and protein is best and how???<br><br></div></blockquote></td></tr></table>