<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br>Hi&nbsp;<div>How are you.....</div><div>Sir I am doing docking with autodock vina in Chimera.. but sir i successfully did it, but with Opal server, and found the required binding sites of ligand binding and checked theier bonds,, but kindly sir tell me &nbsp;how can i do it without using opal server.. which file will be required???? and how it is estimated that which binding between ligand and protein is best and how???</div><div><br></div><div>&nbsp;<br>--- On <b>Tue, 4/9/13, Elaine Meng <i>&lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Elaine Meng &lt;meng@cgl.ucsf.edu&gt;<br>Subject: Re: [Chimera-users] building DNA<br>To: "Muhammad ALi" &lt;muh.ali741@yahoo.com&gt;<br>Cc: "chimera-users@cgl.ucsf.edu Mailing List"
 &lt;chimera-users@cgl.ucsf.edu&gt;<br>Date: Tuesday, April 9, 2013, 8:25 PM<br><br><div class="plainMail">You're welcome!&nbsp; Wow, you really did a lot!<br><br>Elaine<br><br>On Apr 9, 2013, at 12:32 PM, Muhammad ALi wrote:<br><br>&gt; thank you sir actually I am student of BS(Hons.) Bionfo &amp; Biotech and Chimera was my presentation topic , Today was my presention and I do alot ..<br>&gt; I presented the following<br>&gt; 1- Introduction to chimera<br>&gt; 2-How to load a structure into chimera<br>&gt;&nbsp; &nbsp; open&nbsp; and&nbsp; fetch<br>&gt; 3- How to edit, select(chains, residues, atoms, also atom specifier), delete, <br>&gt; 4- Actions, zoom and drag , coloring and change the view of model (bonds, atoms, surface, ribbon, residues etc...) <br>&gt; 5-How to make animations<br>&gt; 6-How to use commands<br>&gt; 7-How to save animation in movie file and in accession file<br>&gt; 8- How to align and superimpose two or more model structures and
 then their sequences and how to check RMSD<br>&gt; 9-How to make or built a structure from peptide or amino acid sequence , and how to get or show the sequnce from protein model<br>&gt; 10-How to make Ramachandran Plot<br>&gt; 11-How to save high defination image<br>&gt; 12-How adjust bonding<br>&gt; 13-How to make solvate model <br>&gt; 14-How to make userinterface of our own choice<br>&gt; 15-How to select tow different atoms and then how to make bond between them<br>&gt; 16-How to merg two different model into one<br>&gt; 17-How to two find a conserved region in the structure by giving the conserved sequence as input<br>&gt; 19-How to select and activate a specific model<br>&gt; 20-How to move different objects by mouse <br>&gt; 21-How to split a model into its chains<br>&gt; 22-How to close a specific model<br>&gt; 23-commands<br>&gt; 24-How to show the ligand surface<br>&gt; 25-ViewDock check the binding between the ligand and receptor<br>&gt;
 26-How to check the resolution of PDB structure<br>&gt; 27-How to measure volume and area<br>&gt; 28-How to save selected part of model into another separate as a PDB file<br>&gt; 29-analyzing metal ion coordination geometries<br>&gt; 30-viewing controls (side view, camera, lighting, shining)<br>&gt; 31-Find clashes and contacts<br>&gt; 32-Docking with autodock vina ( ligand-receptor binding )<br>&gt; <br>&gt;&nbsp; thank you so much sir for helping......<br>&gt; <br>&gt; --- On Tue, 4/9/13, Elaine Meng &lt;<a ymailto="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" href="/mc/compose?to=meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt; wrote:<br>&gt; <br>&gt; From: Elaine Meng &lt;<a ymailto="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" href="/mc/compose?to=meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>&gt; Subject: building DNA<br>&gt; To: "Muhammad ALi" &lt;<a ymailto="mailto:muh.ali741@yahoo.com" href="/mc/compose?to=muh.ali741@yahoo.com">muh.ali741@yahoo.com</a>&gt;<br>&gt; Cc: "<a
 ymailto="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" href="/mc/compose?to=chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a> Mailing List" &lt;<a ymailto="mailto:chimera-users@cgl.ucsf.edu" href="/mc/compose?to=chimera-users@cgl.ucsf.edu">chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>&gt;<br>&gt; Date: Tuesday, April 9, 2013, 4:15 PM<br>&gt; <br>&gt; On Apr 8, 2013, at 6:42 AM, Muhammad ALi wrote:<br>&gt; <br>&gt; &gt; hi <br>&gt; &gt; can we make a DNA model with chimera???<br>&gt; <br>&gt; Hello,<br>&gt; Although you can build very approximate DNA in Chimera with the "rna" command &lt;<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/rna.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/rna.html</a>&gt;, the result is rough and mainly just for viewing.&nbsp; If you are planning to do detailed modeling or further calculations with the DNA, I would recommend not using Chimera, but instead some other program.<br>&gt; <br>&gt; For
 example, here are some web servers that I believe will build DNA:<br>&gt; &lt;<a href="http://structure.usc.edu/make-na/" target="_blank">http://structure.usc.edu/make-na/</a>&gt;<br>&gt; &lt;<a href="http://w3dna.rutgers.edu/index.php/rebuild" target="_blank">http://w3dna.rutgers.edu/index.php/rebuild</a>&gt;<br>&gt; <br>&gt; Elaine<br>&gt; ----------<br>&gt; Elaine C. Meng, Ph.D. <br>&gt; UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>&gt; Department of Pharmaceutical Chemistry<br>&gt; University of California, San Francisco<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; Chimera-users mailing list<br>&gt; <a ymailto="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu" href="/mc/compose?to=Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a><br>&gt; <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users"
 target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a><br><br></div></blockquote></div></td></tr></table>