<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Rebecca,<br>
      <br>
      &nbsp; Here's a crazy trick to see atoms in structure #1 that are not
      in structure #0.<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; ~display #0<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; display #1<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; mcopy #0 #1 set v<br>
      <br>
      This hides all the atoms of #0, displays all the atoms of #1, then
      copies the visibility of atoms in #0 to matching atoms in #1.&nbsp; In
      other words it undisplays just the atoms of #1 that have mates in
      #0.&nbsp; <br>
      <br>
      You could abbreviate this command sequence<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; alias ^diff ~display $1 ; display $2 ; mcopy $1 $2 set v<br>
      <br>
      then use<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; diff #0 #1<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; diff #1 #0<br>
      <br>
      Here is the mcopy documentation<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;
      <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/mcopy.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/mcopy.html</a><br>
      <br>
      &nbsp; Tom<br>
      <br>
      <br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:7E64726E-A0BD-4782-9487-1E075B209F1E@cgl.ucsf.edu"
      type="cite">
      <pre wrap="">On Apr 11, 2013, at 2:46 PM, Rebecca Swett wrote:

</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre wrap="">Hi guys, I have a question, I have two structures that are different by just a few atoms. Is there any way I could use the selection tools in chimera to find them and display them?
</pre>
      </blockquote>
      <pre wrap="">
Hi Rebecca,
        In the general case I don't have any good ideas.  If your two structures have consistent residue naming and numbering then it isn't too hard to do in Python.  In case your structures have consistent nomenclature, I have appended a script that will print the differences to the reply log and select the differences on the structures.  You run the script simply by opening it with File-&gt;Open.

--Eric


</pre>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Chimera-users mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>